FI:IV116 Evolutionary bioinformatics - Informace o předmětu

IV116 Applied bioinformatics: The Evolutionary relationships of genes and species

Rozsah

1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

Dr. Ingo Ebersberger (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)
Dr. Greg Ewing (přednášející), doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (zástupce)

Garance

prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 C525

Předpoklady

Basic knowledge of molecular biology or bioinformatics will be helpful. Students should make themselves familiar with the Linux operating system.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
• Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
• Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
• Bioinformatika (program FI, B-AP)
• Bioinformatika (program FI, N-AP)
• Informační systémy (program FI, N-IN)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-SO)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
• Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, B-IN)
• Informatika (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, M-IN)
• Informatika (program FI, N-IN)
• Matematická informatika (program FI, B-IN)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
• Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
• Počítačová grafika (program FI, N-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
• Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
• Počítačové systémy (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
• Teoretická informatika (program FI, N-IN)
• Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-SS)
• Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-TV)
• Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
• Zpracování obrazu (program FI, N-AP)

Cíle předmětu

In this course we will detail on our current understanding of how biological sequences change over time.
At the end of the course, the student will:
be able to use methods to infer a phylogenetic tree from DNA and protein sequences
know how to test the significance of phyllogenetic tree reconstruction
be able to extract useful datasets from sequences available in the public databases
understand the difference between evolution of biological sequences and the evolution of species

Osnova

• The course will deal with the following topics:
• The molecular basis of evolution. A primer of molecular genetics.
• Introduction into basic population genetics and the coalescent model.
• Modelling sequence evolution.
• Methods for phylogenetic tree reconstruction. Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference.
• Biological Sequence databases

Literatura

• PAGE, Roderic D. M. a Edward C. HOLMES. Molecular evolution :a phylogenetic approach. Oxford: Blackwell Science, 1998, v, 346 s. ISBN 0-86542-889-1. info
• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info

Výukové metody

lectures and computer exercises

Metody hodnocení

exercises and written exam

Vyučovací jazyk

Angličtina

Informace učitele

http://www.cibiv.at/
ATTENTION! This course will be taught as a block of lectures and exercises in the period Nov - Dec, mostly on Fridays and Saturdays.

Další komentáře

Studijní materiály

• Statistika zápisu (podzim 2010, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2010/IV116