FI:IV108 Bioinformatika II - Informace o předmětu
IV108 Bioinformatika II
Fakulta informatikypodzim 2020
- Rozsah
- 1/1/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Po 14:00–15:50 B116
- Předpoklady
- U studentů nebiologických oborů je nutné předem absolvovat IV107 Bioinformatika I nebo získat souhlas učitele. Předpokládají se elementární znalosti programování.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
- Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
- Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
- Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
- Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
- Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
- Bioinformatika (program FI, B-AP)
- Bioinformatika (program FI, N-AP)
- Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Graphics and Visualisation (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
- Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
- Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
- Grafický design (program FI, N-VIZ)
- Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
- Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
- Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
- Informační systémy (program FI, N-IN)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-SO)
- Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
- Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
- Informatika (program FI, B-IN)
- Informatika (program FI, B-INF) (2)
- Informatika (program FI, D-IN)
- Informatika (program FI, D-IN4)
- Informatika (program FI, M-IN)
- Informatika (program FI, N-IN)
- Informatika ve vzdělávání (program FI, B-IVV) (2)
- Information Security (program FI, N-PSKB_A)
- Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
- Matematická informatika (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
- Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
- Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
- Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
- Počítačová grafika (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
- Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
- Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
- Počítačové systémy (program FI, N-IN)
- Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
- Programování a vývoj aplikací (program FI, B-PVA)
- Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
- Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
- Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
- Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
- Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
- Sociální informatika (program FI, B-AP)
- Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
- Teoretická informatika (program FI, N-IN)
- Učitel informatiky a správce sítě (program FI, N-UCI)
- Učitelství informatiky pro střední školy (program FI, N-UCI) (2)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-SS)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, M-TV)
- Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
- Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
- Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
- Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
- Zpracování obrazu (program FI, N-AP)
- Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)
- Cíle předmětu
- Seznámení s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice.
- Výstupy z učení
- Na konci kurzu budou studenti:
podrobně seznámeni s vybranými algoritmy a metodami analýzy dat využívaných v bioinformatice, jejich výhodách a slabých místech a nejnovějších alternativách a postupech
dokáží pracovat s prostorovými modely molekul
studenti dokáží kriticky hodnotit a navrhovat vlastní postupy při řešení problémů v bioinformatice.
budou znát principy metod sekvenování DNA a práci s výslednými daty - Osnova
- 1. Algoritmy pro manipulaci s biologickými sekvencemi - Zarovnáni dvou sekvencí - Zarovnáni mnoha sekvencí - Hledání výrazů a příbuzných sekvencí - Fylogenetická příbuznost - Predikce genů - Analýza genomu - Sekundární struktura RNA - Sekundární struktura proteinů
- 2. Algoritmy pro předpovídání a analýzu strukturních dat - Hledání sekundárních struktur - Hledáni kontaktů - Pravidla skládání proteinů - Popis topologie proteinů - Identifikace domén - Předpovídání terciární struktury proteinů - Kvantitativní srovnávání struktur
- 3. Biologický jazyk - segmentace sekvencí - statistická analýza biologického jazyka - pravidla a omezení ve struktuře biologického jazyka
- 4. Nové metody sekvenování DNA a další zpracování sekvencí
- 5. Předpovídání štěpných produktů proteinů a hmotnostní spektra
- 6. Analýza expresních profilů a charakterizace promotorů
- Literatura
- Výukové metody
- přednášky a cvičení
- Metody hodnocení
- Řešení bonusových úloh v semestru, závěrečná písemná zkouška.
- Navazující předměty
- Informace učitele
- http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2020, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/podzim2020/IV108