FI:PB172 SBseminar - Informace o předmětu

PB172 Seminář ze systémové biologie

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky

Rozvrh

Pá 10:00–11:50 A418

Předpoklady

SOUHLAS
Kurz je zaměřen na studium a presentaci vybraných odborných článků/kapitol z knih z oblasti výpočetní systémové biologie. Předpokladem je středoškolská znalost biologie a chemie, znalost základních principů paradigmatu systémové biologie a zájem o hlubší pochopení problematiky. Předchozí absolvování předmětu PB050 je vítáno.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Aplikovaná informatika (program FI, B-AP)
• Aplikovaná informatika (program FI, N-AP)
• Bezpečnost informačních technologií (angl.) (program FI, N-IN)
• Bezpečnost informačních technologií (program FI, N-IN)
• Bioinformatika (program FI, B-AP)
• Bioinformatika (program FI, N-AP)
• Informační systémy (program FI, N-IN)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-BI)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-EB)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-FY)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GE)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-GK)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-CH)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-IO)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-MA)
• Informatika a druhý obor (program FI, B-TV)
• Informatika (angl.) (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, B-IN)
• Informatika (program FI, D-IN4)
• Informatika (program FI, N-IN)
• Matematická informatika (program FI, B-IN)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, B-IN)
• Paralelní a distribuované systémy (program FI, N-IN)
• Počítačová grafika a zpracování obrazu (program FI, B-IN)
• Počítačová grafika (program FI, N-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, B-IN)
• Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-IN)
• Počítačové systémy a technologie (angl.) (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a technologie (program FI, D-IN4)
• Počítačové systémy a zpracování dat (program FI, B-IN)
• Počítačové systémy (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (angl.) (program FI, N-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, B-IN)
• Programovatelné technické struktury (program FI, N-IN)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (angl.) (program FI, N-AP)
• Služby - výzkum, řízení a inovace (program FI, N-AP)
• Sociální informatika (program FI, B-AP)
• Teoretická informatika (program FI, N-IN)
• Učitelství výpočetní techniky pro střední školy (program FI, N-SS) (2)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, B-IN)
• Umělá inteligence a zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-IN)
• Zpracování obrazu (program FI, N-AP)

Cíle předmětu

Tento předmět studenty seznámí s klíčovými výsledky v oblasti výpočetní systémové biologie. Studenti se naučí pracovat s odborným textem, zejména extrahovat klíčové informace a sestavit a realizovat presentaci.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - provést rozbor vědecké publikace;
- kombinovat a vyvodit informace z odborné literatury;
- diskutovat výhody a nevýhody metod z oblasti výpočetní systémové biologie;
- oponovat vhodnými argumenty chyby v analyzovaných publikacích.

Osnova

• Seznámení se základními pojmy z oblasti výpočetní systémové biologie.
• Předvedení seminárních témat (článků) a jejich výběr.
• Studium zadaných témat.
• Presentace a diskuse.

Literatura

• Formal methods for computational systems biology : 8th International School on Formal Methods for the Design of Computer, Communication and Software Systems, SFM 2008 : Bertinoro, Italy, June 2-7, 2008 : advanced lectures. Edited by Marco Bernardo - Pierpaolo Degano - Gianluigi Zavattaro. Berlin: Springer, 2008, x, 523. ISBN 9783540688921. info
• ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
• NOBLE, Denis. Music of life : biology beyond the genome. Oxford: Oxford University Press, 2006, xiii, 153. ISBN 9780199295739. info
• Systems biology : definitions and perspectives. Edited by Lilia Alberghina - Hans V. Westerhoff. Berlin: Springer, 2005, xvii, 408. ISBN 354022968X. info
• Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
• Foundations of systems biology. Edited by Hiroaki Kitano. London: MIT Press, 2001, xv, 297. ISBN 0262112663. info

Výukové metody

studentské prezentace a diskuze

Metody hodnocení

ústní presentace vybraného tématu

Další komentáře

Předmět je vyučován každý semestr.

• Statistika zápisu (jaro 2019, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2019/PB172