FI:PV269 Pokročilé metody bioinformatik - Informace o předmětu
PV269 Pokročilé metody bioinformatiky
Fakulta informatikyjaro 2022
- Rozsah
- 2/0/1. 3 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
- Vyučující
- doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Monika Čechová, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (náhr. zkoušející) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- St 16. 2. až St 11. 5. St 10:00–11:50 C525
- Předpoklady
- Je předpokládána základní znalost molekulární biologie a problémů, kterými se zabývá bioinformatika. Je nutné předchozí absolvování předmětů IV108. Absolvování IV107, PA052 a PB050 je doporučeno.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analýza a zpracování obrazu (program FI, N-VIZ)
- Bioinformatika a systémová biologie (program FI, N-UIZD)
- Computer Games Development (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Graphics and Visualisation (program FI, N-VIZ_A)
- Computer Networks and Communications (program FI, N-PSKB_A)
- Cybersecurity Management (program FI, N-RSSS_A)
- Formální analýza počítačových systémů (program FI, N-TEI)
- Grafický design (program FI, N-VIZ)
- Graphic Design (program FI, N-VIZ_A)
- Hardware Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Hardwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Image Processing and Analysis (program FI, N-VIZ_A)
- Informační bezpečnost (program FI, N-PSKB)
- Informatika (program FI, B-INF) (2)
- Informatika ve vzdělávání (program FI, B-IVV) (2)
- Information Security (program FI, N-PSKB_A)
- Kvantové a jiné neklasické výpočetní modely (program FI, N-TEI)
- Počítačová grafika a vizualizace (program FI, N-VIZ)
- Počítačové sítě a komunikace (program FI, N-PSKB)
- Principy programovacích jazyků (program FI, N-TEI)
- Programování a vývoj aplikací (program FI, B-PVA)
- Řízení kyberbezpečnosti (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje služeb (program FI, N-RSSS)
- Řízení vývoje softwarových systémů (program FI, N-RSSS)
- Services Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems Development Management (program FI, N-RSSS_A)
- Software Systems (program FI, N-PSKB_A)
- Softwarové systémy (program FI, N-PSKB)
- Strojové učení a umělá inteligence (program FI, N-UIZD)
- Učitel informatiky a správce sítě (program FI, N-UCI)
- Učitelství informatiky pro střední školy (program FI, N-UCI) (2)
- Vývoj počítačových her (program FI, N-VIZ)
- Zpracování a analýza rozsáhlých dat (program FI, N-UIZD)
- Zpracování přirozeného jazyka (program FI, N-UIZD)
- Cíle předmětu
- Získat praktické dovednosti v bioinformatice nad rámec výky na bakalářském stupni a rozšiřující teoretické znalosti z IV108.
- Výstupy z učení
- Student bude schopen: zvolit pro daný problém vhodnou výpočetní metodu; získat a připravit si potřebná data; provést výpočet pomocí vlastních nebo obecně dostupných programů
- Osnova
- Genomové sekvence
- - Pokročilé techniky práce s NGS daty
- - Vyhledávání sekvenčních motivů a anotace genomů
- - Pokročilá práce s genomovými prohlížeči
- Proteiny
- - Skryté Markovovy modely (HMM)
- - Analýza proteinových struktur
- Literatura
- Next-generation DNA sequencing informatics. Edited by Stuart M. Brown. Second edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, xiv, 402. ISBN 9781621821236. info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- Výukové metody
- kombinace přednášek, cvičení a domácích úloh
- Metody hodnocení
- Vybrané hodnocené cvičení; písemná zkouška (zk) nebo projekt (k)
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (jaro 2022, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/fi/jaro2022/PV269