C9150 QSAR modelling

Faculty of Science
Autumn 2006
Extent and Intensity
2/0/0. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Recommended Type of Completion: zk (examination). Other types of completion: k (colloquium).
Teacher(s)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (lecturer)
Guaranteed by
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Contact Person: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Prerequisites
ability to study from English textbook
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives (in Czech)
Předmět je věnován problematice použití predikčních "Quantitative Structure-Activity Relationships" (QSAR) metod v oborech zabývajících se studiem životního prostředí. Studenti jsou seznámeni s teoretickými základy QSAR analýzy. Diskutovány jsou aplikace QSAR v analýze rizik při (i) odhadu environmentálně důležitých vlastností organických sloučenin, (ii) predikcích osudu sloučenin v prostředí a (iii)účinku sloučenin na živé organismy. Metodologie konstrukce QSAR modelů je demonstrována na šestikrokové strategii sestávající ze systematického výběr sloučenin pro testování, sestavení modelu multirozměrnými statistickými metodami a jeho validaci. Shrnuty jsou možnosti použití QSAR modelů v praxi formou expertních systémů - porovnán je evropský a americký přístup v otázkách bezpečného použití QSAR predikcí v analýze rizik. Součástí přednášky je cvičení na počítačích, během kterého se studenti naučí konstrukci QSAR modelů. Využití počítačové grafiky, molekulového modelování a bioinformatiky v oblasti QSAR a molekulární toxikologie je demonstrováno na pracovních stanicích.
Syllabus (in Czech)
  • I. ÚVOD DO QSAR Co to je QSAR? Proč nás zajímají vztahy mezi strukturou a aktivitou? Použití QSAR analýzy: organická chemie, farmakologie, environmentální vědy Cíle QSAR analýzy: popis vztahů mezi strukturou a "aktivitou", použití popisu k předpovědím Příklad QSAR analýzy Deskriptory používané v QSAR
  • II. TERMINOLOGIE QSAR analýza QSAR model deskriptor aktivita předpověď (predikce) validace modelu
  • III. (QSAR) ODHADY V ENVIRONMENTÁLNÍCH VĚDÁCH Predikce důležitých vlastností Predikce osudu sloučenin v prostředí Predikce působení sloučeniny na živý organismus
  • IV. KONSTRUKCE QSAR MODELU Formulace tříd Multirozměrná charakterizace a výpočet PP Výběr trénovací a validační sady Testování biologických vlastností Definování QSAR Experimentální validace a predikce
  • V. POUŽITÍ QSAR MODELŮ Hodnocení kvality experimentálních dat Rozhodování o nutnosti dalšího testován a při hledání vhodných testovacích strategií Určování priorit testování Odhadech specifických parametrů (např. PEC, PNEC, NOEC) Hledání chybějících dat v ekotoxikologických databázích Americký přístup (U.S. EPA) Evropský přístup (ECB EU) Multilaterální přístup
Literature
  • Risk Assessment of Chemicals: An Introduction, C.J. van Leeuwen, J.L.M. Hermens (Eds.), Kluwer Academic Publishers, 1995, chap. 7, str. 239-292.
Assessment methods (in Czech)
V průběhu roku 15 min testy ze samostudia
Závěrečný písemný test: 50 otázek, 50-44b výborně, 43-36b velmi dobře, 35-30b dobře
Praktická zkouška: konstrukce modelu z jedne sady dat http://www.chemi.muni.cz/~jiri/DATASETS/datasets.html
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
Teacher's information
http://ncbr.chemi.muni.cz/~jiri/courses.html
The course is also listed under the following terms Autumn 1999, Autumn 2000, Autumn 2001, Autumn 2002.
  • Enrolment Statistics (recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/autumn2006/C9150