Bi7230c Pokročilé biofyzikální metody v experimentální biologii - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Michal Zimmermann, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Pavla Šilerová (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D.
Předpoklady
NOW( Bi7230 Pokročilé biofyzikální metody )
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Předmět je zaměřen na získání praktických zkušeností s moderními spektroskopickými metodami analýzy struktury a vzájemné interakce nukleových kyselin a proteinů. Z metodických přístupů je zvláštní důraz kladen na vysoce citlivé fluorimetrické metody a jejich použití v laboratorní praxi. Naplní přednášek jsou principy detekce, způsoby fluorescenčního značení biomakromolekul a jeho použití při analýze funkce a vzájemných interakcí molekul v rámci genomu a proteomu. Součástí výuky je volitelný blok navazujících praktických cvičení, což umožňuje experimentální ověření získaných teoretických poznatků za použití moderního instrumentálního vybavení výzkumných laboratoří. Vyúka je zaměřena na účinné předávání teoretických základů a praktických dovedností při používání specializovaných technik, jejichž využití pro řešení projektů základního i aplikovaného výzkumu se v biologických oborech stává nezbytností v současném interdisciplinárním pojetí biologie.
Osnova
  • Měření spektrálních charakteristik proteinů a nukleových kyselin
  • Přesné stanovení koncentrace nukleových kyselin a proteinů za použití fluorescence a absorpční spektroskopie (kolorimetrie)
  • Vliv pH a teploty na spektrální vlastnosti fluorescenčních sond
  • Měření vlastní fluorescence BSA, tryptofanu a tyroxinu
  • Příprava fluorescenčně značeného fragmentu DNA
  • Spektroskopická charakteristika fluorescenčně značené DNA
  • Vizualizace makromolekul při elektroforetické separaci
  • Využití fluorescenčního rezonančního přenosu energie (FRET) při sledování hybridizace komplementárních řetězců nukleových kyselin
  • Sledování zhášení fluorescence po relaxaci vlásenkové struktury fluorescenčně značené DNA
  • Real-time PCR - detekce amplifikace DNA. Fluorescenční mikroskopie (fluorescenční in situ hybridizace)
  • Studium vazby molekul za pomocí anizotropie fluorescence –vazba proteinu a fluorescenčně značené DNA
Literatura
  • Lakowicz J.R.: Principles of Fluorescence Spectroscopy. Third Edition, Springer + Business Media, New York, 2006
Metody hodnocení
kolokvium
Informace učitele
http://is.muni.cz/el/1431/podzim2009/Bi7230/um/6053971/PBMEBuvod.html
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012.