Bi6700 Taxonomie prokaryot

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
3/0/0. 3 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 10:00–12:50 Bpt,01013
Předpoklady
C3580 Biochemie && Bi4020 Molekulární biologie && Bi4090 Obecná mikrobiologie
Zkouška z  obecné mikrobiologie, biochemie, základů molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Jiné omezení: Limitujici je kapacita cvicebny
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kurzu Taxonomie prokaryot bude student schopen identifikovat prokaryotní mikroorganizmy (domény Archaea a Bacteria) na základě jejich fylogenetickému postavení. Získané poznatky je absolvent kurzu schopen použít v systematice bakterií a samostatně interpretovat získané údaje při typizaci bakteriálních izolátů i při identifikaci neznámých vzorků prokaryotních mikroorganizmů.
Osnova
  • Bakteriální taxonomie shrnuje fylogenetické postavení prokaryotních mikroorganizmů (domény Archaea a Bacteria) a vytyčuje pojem systematiky (1 přednáška). Zástupci domény Archaea jsou zmíněni jen v základních rysech čeledí a rodů (1 přednáška). Podstatná část kurzu je věnována mikroorganizmům z domény Bacteria, které jsou v tomto kurzu děleny do tří částí. V první je podrobně zmíněna taxonomie různých tříd kmene Proteobacteria (5 přednášek). Druhá část kurzu zahrnuje další kmeny gramnegativních koků a tyčinek - aerobní, fakultativně anaerobní, obligátně anaerobní; pravidelné i nepravidelné (3 přednášky). Poslední třetí část kuru se týká grampozitivních bakterií (kmeny Actinobacteria a Firmicutes) - morfologicky odlišné skupiny bakterií, jako jsou mykobakteria, nokardioformní či mycélium tvořící bakterie nebo sporulující bakterie (4 přednášky). Na konci tohoto kurzu by měli být studenti schopni používat získané fenotypové a fylogenetické údaje ke klasifikaci mikroorganizmů nebo k jejich typizaci. Dále by mohli chápat podobnost nebo příbuznost mezi bakteriálními druhy a měli by být schopni objasnit vnitro- a mezi-druhovou příbuznost.
Literatura
  • SEDLÁČEK, Ivo. Taxonomie prokaryot. 1. vyd. Brno: Masarykova univerzita, 2007, 270 s. 55-969C-2006 02/58 12Př. ISBN 80-210-4207-9. info
  • Euzéby, J.P. 2007. List of prokaryotic names with standing in nomenclature. On-line: http://www.bacterio.cict.fr
  • Garrity, G.M., Boone, D.R., Castenholz, R.W. (eds.). 2001. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume One. The Archaea and the Deeply Branching and Phototrophic Bacteria. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005a. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part A Introductory Essays. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005b. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part B The Gammaproteobacteria. Springer, USA.
  • Garrity, G.M., Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. (eds.). 2005c. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Second edition. Volume Two. The Proteobacteria. Part C The Alpha-, Beta-, Delta-,and Epsilonproteobacteria. Springer, USA.
  • Balows, A., Trüper, H.G., Dworkin, M., Harder, W., Schleifer, K.-H. (eds.). 1992. The Prokaryotes: A Handbook on the biology of bacteria: ecophysiology, isolation, identification, applications. 2nd ed. New York: Springer-Verlag.
  • Stackebrandt, E. (Ed.) 2006. Molecular Identification, Systematics, and Population Structure of Prokaryotes. Springer, Germany.
  • Priest, F.G., Goodfellow, M. (eds.). 2000. Applied microbial systematics. Kluwer Academic Publisher, Dordrecht, The Netherlands.
  • Goodfellow M. and O Donnell A.G. : Chemical methods in pracarytic systematics., J.Wilea and sons., N.Y., 1994
Výukové metody
Výuka formou přednášek.
Metody hodnocení
Diskuze na začátku přednášky k minule probrané problematice, 2 písemné testy před blokovým cvičením (30 a 50 otázek), závěrečná ústní zkouška.
Navazující předměty
Informace učitele
Přednáška je určena pouze pro studenty zaměření mikrobiologie.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.