C2110 Operační systém UNIX a základy programování

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)
Garance
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
C2110/1: Po 12:00–13:50 C04/118, T. Bouchal, I. Durník, P. Kulhánek
C2110/2: Út 16:00–17:50 C04/118, T. Bouchal, I. Durník, P. Kulhánek
C2110/3: Út 18:00–19:50 C04/118, T. Bouchal, I. Durník, P. Kulhánek
Předpoklady
Základy práce s počítačem (např. MS Windows XX, Word, Excel)
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 63 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/63, pouze zareg.: 0/63, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/63
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kurzu bude student ovládat základní příkazy operačních systémů Unix a Linux. Bude je schopen spojovat do složitějších konstrukcí pomocí skriptování. Dále bude schopen vytvářet skripty v programovacích jazycích AWK a gnuplot. Jejich kombinací bude schopen analyzovat výstupy ze základních vědecko-technických výpočtů. Nabyté schopnosti jsou nezbytným předpokladem pro počítačovou chemii a molekulové modelování a pro případné navazující studium programování v kompilovaných jazycích (C/C++).
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu: - znát základní příkazy operačních systémů Unix a Linux;
- schopen spojovat příkazy do složitějších konstrukcí pomocí skriptování;
- schopen vytvářet skripty v programovacích jazycích AWK a gnuplot;
- provádět automatizovanou analýzu vysledků vědecko-technických výpočtů;
Osnova
  • 1. Klastr WOLF (struktura, pravidla používání, správci)
  • 2. Přihlašování (místní a vzdálené přihlášení, export displeje, změna hesla)
  • 3. Programové vybavení (systémové aplikace, vědeckotechnické aplikace)
  • 4. Textové editory (vi, grafické textové editory)
  • 5. Příkazová řádka (terminály, struktura, historie a automatické dokončování)
  • 6. Souborový systém (struktura, absolutní a relativní cesty, práva, speciální soubory, diskové oddíly)
  • 7. Příkazy (manuálové stránky, přehled příkazů)
  • 8. Procesy (procesy, standardní vstup a výstup, přesměrování, roury)
  • 9. Úvod do skriptování (co je to skriptování, výhody a nevýhody, spouštění skriptů)
  • 10. Skriptování v jazyce Bash (proměnné, základní řídící konstrukce)
  • 11. Skriptování v programu gnuplot (vykreslování 2D a 3D grafů, interaktivní versus neinteraktivní mód)
  • 12. Skriptování v jazyce AWK (základní konstrukce, jednoduché zpracovávání textových souborů)
  • 13. Použití skriptování při analýze dat (znázornění průběhu výpočtu Gibbsových energií, studentské projekty)
Literatura
  • HAHN, Harley a Peter NORTON. Průvodce UNIXEM od Petera Nortona : Jak komunikovat s UNIXEM, jak UNIX ukládá a zobrazuje informace, používání unixového systému souborů, práce s editorem vi : Peter Norton's Guide to UNIX (Orig.). 1.vyd. Brno: UNIS, 1993, XXIV, 562. info
  • BRANDEJS, Michal. UNIX - Linux : praktický průvodce. 1. vyd. Praha: Grada, 1996, 340 s. ISBN 8071691704. info
  • PETRLÍK, Lukáš. Jemný úvod do systému UNIX. 1. vyd. České Budějovice: Kopp, 1995, 189 s. ISBN 80-85828-28-6. info
Výukové metody
přednášky, procvičování praktických příkladů, diskuze
Metody hodnocení
Účast v cvičení je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence). V pruběhu semestru se uskuteční dva testy (2x 10 bodů). Ve zkouškovém období pak zavěrečný test (50 bodů) a samostatné sestavení skriptu (30 bodů). Pro uspěšné zakončení přemětu je zapotřebí získat minimálně 80 bodů.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, jaro 2000, podzim 2010 - akreditace, jaro 2001, jaro 2002, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.