Bi7312 Praktikum z molekulární biologie eukaryot

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jiří Kohoutek, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Sára Lenárt, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Kamila Říhová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Ivana Kupčíková, DiS. (pomocník)
Garance
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi7312/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen. L. Knopfová
Bi7312/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen. L. Knopfová
Bi7312/03: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Navrátilová
Bi7312/04: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Navrátilová
Bi7312/05: Rozvrh nebyl do ISu vložen. P. Beneš
Bi7312/06: Rozvrh nebyl do ISu vložen. P. Beneš
Bi7312/07: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Kohoutek
Bi7312/08: Rozvrh nebyl do ISu vložen. J. Kohoutek
Předpoklady
NOW( Bi7090 Molekulární biologie eukaryot )
Kurz vyžaduje znalost základních praktických návyků z oblasti mikrobiologie, biochemie a molekulární biologie, jako např. přípravu roztoků a kultivačních půd, sterilní manipulace s tekutinami, práce s automatickými pipetami, centrifugace, atd.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 12/30, pouze zareg.: 0/30
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty formou praktických cvičení se základními metodami analýzy buněčného růstu, diferenciace, migrace a buněčné smrti na modelových nádorových liniích.
Výstupy z učení
Po absolvování tohoto kurzu získají studenti praktické zkušenosti jak provádět základní manipulace s živočišnými a lidskými buňkami in vitro. Budou tak schopní nejen provádět pasážování adherentních a suspenzních buněčných liniía, ale také je geneticky upravovat, analyzovat jejich morfologii, diferenciaci, proliferaci, migraci a apoptózu.
Osnova
  • 1. Pasážováni savčích buněčných linií, 2D a 3D kultivace. 2. Přechodná transfekce savčích buněk plazmidem cmvGFP elektroporací a analýza účinnosti transfekce fluorescenční mikroskopií a průtokovou cytometrií. 3. Analýza aktivity transkripčních faktorů (přechodná transfekce, test na aktivitu luciferázy a beta-galaktosidázy) 4. Studium buněčné morfologie, exprese proteinů a jejich lokalizace v buňce během diferenciace savčích buněk (cytocentrifugace, fixace a barvení buněk, světelná a fluorescenční mikroskopie, frakcionace buněk, elektroforéza proteinů a imunobloting, imunocytofluorescence, fagocytóza). 5. Analýza buněčných markerů apoptózy (značení mrtvých buněk eosinem, analýza jaderné morfologie, štěpení proteinu PARP a aktivace kaspázy 3, externalizace fosfatidylserinu, stanovení mitochondriálního potenciálu, měření reaktivních kyslíkových radikálů pomocí průtokové cytometrie). 6. Určení buněčné proliferace, migrace a senescence (počítání buněk, značení buněk krystalovou violetí, analýza buněčného cyklu, analýza proliferace a migrace v reálném čase, detekce SA-beta-gal). 7. Stanovení viability 3D modelů (sféroidů) barvením calcein-AM/propidium jodid s hodnocením konfokální mikroskopií, testem MTT a ATP. Imunohistochemie.
Literatura
  • GREEN, Michael R. a Joseph SAMBROOK. Molecular cloning : a laboratory manual. 4th ed. New York [N.Y.]: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, xxxiii, s. ISBN 9781936113422. info
  • FRESHNEY, R. Ian. Culture of animal cells : a manual of basic technique. 5th ed. Hoboken, N.J.: Wiley-Liss, 2005, xxvi, 642. ISBN 0471453293. info
  • Apoptosis methods and protocols. Edited by Hugh J. M. Brady. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004, xi, 304. ISBN 0896038734. info
Výukové metody
krátká teoretická příprava následovaná laboratorním cvičením a zakončená skupinovým projektem
Metody hodnocení
zápočet se udílí za aktivní přístup, účast ve výuce a zpracování závěrečné skupinové úlohy.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.