PřF:C2110 UNIX a programování - Informace o předmětu
C2110 Operační systém UNIX a základy programování
Přírodovědecká fakultapodzim 2022
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Alice Laníková (cvičící)
Mgr. Ivo Durník, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Anežka Tichá (cvičící) - Garance
- RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- C2110/01: Po 12:00–13:50 C04/118, I. Durník, P. Kulhánek, A. Tichá
C2110/02: Út 8:00–9:50 C04/118, P. Kulhánek, A. Laníková
C2110/03: Út 10:00–11:50 C04/118, P. Kulhánek, A. Laníková - Předpoklady
- Základy práce s počítačem (např. MS Windows XX, Word, Excel)
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
- Analytická chemie (program PřF, D-CH4)
- Analytická chemie (program PřF, N-CH)
- Anorganická chemie (program PřF, D-CH4)
- Anorganická chemie (program PřF, N-CH)
- Aplikovaná biochemie (program PřF, B-AB)
- Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
- Biofyzika (program PřF, B-FY)
- Biofyzika (program PřF, D-FY4)
- Biofyzika (program PřF, N-FY)
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Biochemie (program PřF, D-BCH4)
- Biomolekulární chemie (program PřF, D-BCH4)
- Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
- Bio-omika (program PřF, D-VZP) (2)
- Fyzikální chemie (program PřF, D-CH4)
- Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)
- Chemie (program PřF, B-CH)
- Chemie životního prostředí (program PřF, D-CH4)
- Chemie životního prostředí (program PřF, N-CH)
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)
- Materiálová chemie (program PřF, D-CH4)
- Materiálová chemie (program PřF, N-CH)
- Modelování a výpočty (program PřF, B-MA)
- Organická chemie (program PřF, D-CH4)
- Organická chemie (program PřF, N-CH)
- Strukturní biologie (program PřF, D-VZP) (2)
- Strukturní chemie (program PřF, N-CH)
- Cíle předmětu
- Na konci kurzu bude student ovládat základní příkazy operačních systémů Unix a Linux. Bude je schopen spojovat do složitějších konstrukcí pomocí skriptování. Dále bude schopen vytvářet skripty v programovacích jazycích AWK a gnuplot. Jejich kombinací bude schopen analyzovat výstupy ze základních vědecko-technických výpočtů. Nabyté schopnosti jsou nezbytným předpokladem pro počítačovou chemii a molekulové modelování a pro případné navazující studium programování v kompilovaných jazycích (C/C++).
- Výstupy z učení
- Student bude po absolvování předmětu:
- znát základní příkazy operačních systémů Unix a Linux;
- schopen spojovat příkazy do složitějších konstrukcí pomocí skriptování;
- schopen vytvářet skripty v programovacích jazycích AWK a gnuplot;
- provádět automatizovanou analýzu vysledků vědecko-technických výpočtů; - Osnova
- 1. Organizace výuky. Zaměření předmětu. Klastr WOLF. Začínáme: místní a vzdálený přístup (ssh, putty)
- 2. Kerberos. Příkazy (dokumentace). Souborový systém. Vzdálený přístup (scp, VNC)
- 3. Procesy. Komunikace procesu s okolím. Virtualizace.
- 4. Linux jako desktopové prostředí. Souborový systém. Textové editory.
- 5. Programy vs skripty. Základy algoritmizace. Úvod do skriptování v jazyce bash.
- 6. Skriptování v jazyce bash (proměnné, vstup a výstup).
- 7. Skriptování v jazyce bash (řídící struktury: podmínky, cykly).
- 8. Skriptování v jazyce bash (řídící struktury: cykly, hledání chyb, funkce).
- 9. Skriptování v jazyce gnuplot (jak prezentovat vědecko-technická data, typy terminálů, zobrazení 1D a 2D). Skriptování v jazyce bash (cykly, přesměrování).
- 10. Procvičování (bash+gnuplot).
- 11. Skriptování v jazyce awk (základ).
- 12. Skriptování v jazyce awk (podmínky, řízení běhu, cykly, pole).
- 13. Procvičování (bash+gnuplot+awk)
- 14. Komprese dat. Archivace data. Kompilace programů ze zdrojových kódů.
- Literatura
- HAHN, Harley a Peter NORTON. Průvodce UNIXEM od Petera Nortona : Jak komunikovat s UNIXEM, jak UNIX ukládá a zobrazuje informace, používání unixového systému souborů, práce s editorem vi : Peter Norton's Guide to UNIX (Orig.). 1.vyd. Brno: UNIS, 1993, XXIV, 562. info
- BRANDEJS, Michal. UNIX - Linux : praktický průvodce. 1. vyd. Praha: Grada, 1996, 340 s. ISBN 8071691704. info
- PETRLÍK, Lukáš. Jemný úvod do systému UNIX. 1. vyd. České Budějovice: Kopp, 1995, 189 s. ISBN 80-85828-28-6. info
- Výukové metody
- přednášky, procvičování praktických příkladů, diskuze
- Metody hodnocení
- Účast v cvičení je povinná (povolené jsou dvě dopředu omluvené absence). V pruběhu semestru se uskuteční tři testy (3x 20 bodů) a student vyhotoví algoritmus ve formě vývojového diagramu zadaného úkolu (10 bodů). Ve zkouškovém období pak zavěrečný test (50 bodů) a samostatné sestavení skriptu (30 bodů). Pro uspěšné zakončení přemětu je zapotřebí získat minimálně 110 bodů.
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
- Statistika zápisu (podzim 2022, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2022/C2110