C7195 Pokročilé praktikum z biochemie

Přírodovědecká fakulta
podzim 2022
Rozsah
0/0/5. 5 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (cvičící)
doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Petr Lapčík, Ph.D. (pomocník)
Mgr. David Novák (pomocník)
Garance
doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 15:00–19:50 C15/211
Předpoklady
C4220 Biochemie - laboratorní cvičení C6200 Biochemické metody
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 1/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Cílem laboratorního kurzu je prakticky si vyzkoušet pokročilé biochemické metodiky. V rámci kurzu se studenti naučí samostatně provádět izolaci a separaci biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, nízkomolekulární látky), aplikovat metody pro stanovení aktivit enzymů, metody pro stanovení hladin mRNA a proteinů (qPCR, proteomika na bázi kvantitativní hmotnostní spektrometrie), práci s tkáňovými kulturami a moderními diagnostickými metodami, zpracovávat, statisticky vyhodnocovat a interpretovat získaná data.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - Provést nativní elektroforézu a stanovit enzymovou aktivitu - Izolovat proteiny z nádorových buněčných linií a stanovit celkovou koncentraci proteinu - Provést štěpení proteinů trypsinem a purifikovat získané peptidy v rámci proteomického experimentu - Provést databázové prohledávání proteomických LC-MS/MS dat, statisticky vyhodnotit a interpretovat výsledky - Provést molekulární klonování - Izolovat RNA z biologického materiálu - Provést reverzní transkripci - Provést qPCR a vyhodnotit data - Provést PCR-RFLP analýzu - Provádět kritické hodnocení získaných dat
Osnova
  • Úloha A: Analýza izoenzymů askorbát peroxidasy pomocí nativní PAGE a aktivity phenylalanin-amoniak lyasy Úloha B: Porovnání proteotypů nádorových buněčných linií pomocí kvantitativní hmotnostní spektrometrie Úloha C: Klonování PCR produktu do plasmidu Úloha D: Identifikace neznámého elicitinu na základě jeho aktivity Úloha E: Identifikace jednotlivých druhů václavek ze vzorku půdy
Literatura
  • Návody ke cvičením - viz Studijní materiály
Výukové metody
Laboratorní cvičení
Metody hodnocení
Student musí absolvovat všechny úlohy a odevzdat z nich požadované protokoly.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2023, podzim 2024.