Bi8350 Evolutionary genomics

Faculty of Science
Spring 2008 - for the purpose of the accreditation
Extent and Intensity
2/0/0. 2 credit(s) (fasci plus compl plus > 4). Type of Completion: zk (examination).
Teacher(s)
doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc. (lecturer)
RNDr. Roman Hobza, Ph.D. (lecturer)
Guaranteed by
prof. RNDr. Jiřina Relichová, CSc.
Department of Experimental Biology – Biology Section – Faculty of Science
Contact Person: doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
Prerequisites (in Czech)
Bi4020 Molecular biology
Základní znalosti z genetiky a molekulární biologie
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Syllabus (in Czech)
  • 1. Vznik života Atributy života. Vznik života. Svět nukleových kyselin. Vznik genetického kódu a proteosyntézy. Teorie jílů. Zvláštnosti života a život na bázi křemíku. 2. První genomy První DNA genomy. Buňka a její životní minimum. Extrémní genomy. 3. Evoluce genů První geny. Anatomie genů. Původ nových genů. Mechanismy evoluce nových genů. Introny. 4. Evoluce genomů Velikosti genomů a paradox hodnoty C. Genové rodiny, pseudogeny, orfony a počty genů. Uspořádání genů v genomech. Počty chromosomů u různých druhů. Syntenie a kolinearita. Úloha multiplikací v evoluci genomů. Regulační systém na bázi RNA. Dynamika genomů. 5. Sobecká DNA Podíl repetitivní DNA na velikosti genomů. Retroelementy. DNA transposony. Tandemové repetice. Mikrosatelity. 6. Genomy organel a promiskuitní DNA Genomy organel jako pozůstatky prokaryotických organismů. Objev promiskuitní DNA. Migrace genů do jádra. Mechanismus přenosu genů do jádra. Genomy organel a vnitrobuněční parazité. 7. Interakce genomů Parazitická DNA, restrikčně-modifikační systémy jako parazité, viry, vnitrobuněční parazité (Mycoplasma, Rickettsia) a jejich genomy, obranný mechanismus trypanosomy, ovlivnění pohlaví způsobené parazity (Wolbachia), molekulární parazité živočichů a rostlin. Závody ve zbrojení, červená královna a rychlost evoluce. Pozitivní vliv parazitů na hostitele. 8. Evoluce sexuality. (A) Příčiny sexuality: rekombinace a sexualita, rychlost evoluce a degenerativní procesy u nerekombinující DNA Mullerova rohatka (Mullers ratchet), genetické svezení se (genetic hitchhiking), selekce na pozadí (background selection). Haploidie a diploidie. 9. Evoluce sexuality. (B) Důsledky sexuality: mechanismy determinace pohlaví, vznik a evoluce pohlavních chromosomů. Historie lidských pohlavních chromosomů záhadné palindromy na chromosomu Y, samčí geny jsou zálohované, Y se brání degeneraci, evoluční vrstvy na chromosomu Y. Papája pohlavní chromosomy ve stádiu zrodu. 10. Meioza a rekombinace v evoluci genomů. Co je příčinou a co následkem. 11. Struktura a evoluce lidského genomu Základní charakteristika. Genové rodiny v lidském genomu. Repetice v lidském genomu. Srovnání genomu člověka s genomem myši a šimpanze. Evoluce člověka. 12. Genomika strategie a metody. Mapování genomů. Genomové knihovny, sekvenování a analýza sekvencí. Genomové projekty.
Language of instruction
Czech
Further Comments
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
The course is also listed under the following terms Spring 2011 - only for the accreditation, Spring 2006, Spring 2007, Spring 2008, Spring 2009, Spring 2010, Spring 2011, Spring 2012, spring 2012 - acreditation, Spring 2013, Spring 2014, Spring 2015, Spring 2016, Spring 2017, spring 2018, Spring 2019, Spring 2020, Spring 2021, Spring 2022, Spring 2023, Spring 2024, Spring 2025.