PřF:C8855 Computat. Chem. and Molec.II - Course Information
C8855 Computational Chemistry and Molecular Modeling II
Faculty of ScienceSpring 2008
- Extent and Intensity
- 1/0/0. 2 credit(s). Recommended Type of Completion: k (colloquium). Other types of completion: zk (examination).
- Teacher(s)
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. (lecturer)
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (lecturer) - Guaranteed by
- prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
National Centre for Biomolecular Research – Faculty of Science
Contact Person: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc. - Prerequisites
- Basic level of general and physical chemistry. A basic knowledge in quantum chemistry is an advantage. It is strongly suggested that the student went through the course C7790/C7800. It is likely that the course is mainly for PhD students.
- Course Enrolment Limitations
- The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
- fields of study / plans the course is directly associated with
- Analytical Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Analytical Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Inorganic Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Inorganic Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Biochemistry (programme PřF, M-CH)
- Physical Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Physical Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Macromolecular Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Environmental Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Environmental Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Macromolecular Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Organic Chemistry (programme PřF, D-CH) (2)
- Organic Chemistry (programme PřF, M-CH)
- Organic Chemistry (programme PřF, N-CH)
- Course objectives (in Czech)
- Kurs je zaměřen na získání pokročilých znalostí v oblasti výpočetní chemie. Jeho orientace je výrazně aplikační. Student získá přehled o metodách analýzy komplikovaných energetických prostorů, metodách simulujících dynamiku molekul, metodách umožňujících studovat molekulární komplexy a chemické reakce. V neposlední řadě se student seznámí s různými způsoby, jak do výpočtu zahrnout solvent. V závěru se studenti seznámí s některým uživatelsky příjemným programovým balíkem pro počítačové modelování molekul a molekulárních systémů.
- Syllabus (in Czech)
- 1. Hyperplochy potenciální energie (PES). Význam a charakteristika stacionárních bodů. Základní algoritmy pro jejich vyhledávání. 2. Simulace chování molekulárního systému. Molekulová dynamika a metody Monte Carlo. 3. Konformační změny a jejich počítačové studium. Řešení problému mnohonásobných minim v konformační analýze. Energetické bariery konformačních interkonverzí. 4. Úvod do počítačového studia supramolekul , molekulárních komplexů a biomolekul. Dokování molekul. Design nových molekul. 5. Modelování solventu. 6. Modelování chemických reakcí. 7. Programové systémy Insight II, AMBER, DISCOVER, Oxford Molecular, WHATIF, AUTODOCK.
- Literature
- Lipkowitz, K B - Boyd, D B. Reviews in Computational Chemistry 1-9. New York : VCH Publishers, 1998.
- JENSEN, Frank. Introduction to Computational Chemistry. New York: J. Wiley & Sons Ltd., 1999. info
- HEHRE, Warren J., Alan J. SHUSTERMAN and W. Wayne HUANG. A laboratory book of computational organic chemistry. Irvine, Calif.: Wavefunction, 1996, xiv, 291 s. ISBN 0-9643495-5-8. info
- FORESMAN, J B and A FRISCH. Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods. Pittsburgh: Gaussian, Inc., 1996. info
- Assessment methods (in Czech)
- Kurs sestává ze sedmi dvouhodinových přednášek. Ty jsou přednášeny samotnými frekventanty kursu na základě předběžné domluvy s vyučujícím. Pro ty studenty, kteří si zapsali cvičení, pak následuje samostatný projekt, který má ve většině případů úzký vztah k odbornému zaměření studenta.
- Language of instruction
- Czech
- Further Comments
- The course can also be completed outside the examination period.
The course is taught annually.
The course is taught: every week.
- Enrolment Statistics (Spring 2008, recent)
- Permalink: https://is.muni.cz/course/sci/spring2008/C8855