Operační systémy si musí poradit také s instalací aplikací a jejich provozováním. Existují přitom dva základní koncepty, jak instalaci nových programů (a analogicky jejich aktualizaci či odstranění) provádět.

V případě decentralizované distribuce dá výrobce operačního systému k dispozici nástroje pro vývojáře software k vytváření instalačních balíčků a ti je již vytvářejí a distribuují uživatelům samostatně (například instalace software ve Windows a Mac OS X). To znamená, že uživatel si příslušnou aplikaci nahraje do počítače a provede její instalaci. Jde o jednoduché řešení, avšak vyžaduje, aby uživatel sám pečoval o aktuálnost softwaru, hodnotil jeho bezpečnost a kvalitu. V poslední době je tento koncept již opouštěn.

Naproti tomu centralizovaný přístup využívá repozitáře aplikací, který je provozován výrobcem OS a ze kterého si uživatelé z něj vybírají a instalují aplikace. Jde o seznam ověřených aplikací, které jsou nahrány na centrálním uložišti, ze kterého jsou poté stahovány a instalovány prostřednictvím systémové aplikace. Takto zpracovaný software může operační systém také jednoduše kontrolovat a nabízet k němu příslušné aktualizace. Linuxové distribuce využívají centralizovaný systém distribuce již od 90. let, mobilní systémy jako Android a iOS již od svého vzniku.