Příloha č. 13
Stanovisko habilitační komise k návrhu na jmenování docentem
Masarykova univerzita Fakulta
Obor řízení
Uchazeč
Pracoviště uchazeče Habilitační práce
Složení komise Předseda
Členové
přírodovědecká biochemie
Mgr. Jan Lochman, Ph.D.
Ústav biochemie Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity v Brně
Molecular Aspects of MAMP (Microbe-Associated Molecular Pattern) Triggered Immunity in Plants
prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc.
Ustav biochemie PřF MU Brno
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
CEITEC/NCBR, PřF MU Brno
doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr.
Katedra biochemie PřF UP Olomouc
prof. RNDr. Olga Valentová, CSc.
Ustav biochemie a mikrobiologie VSCHT Praha
doc. RNDr. Ludmila Zajoncová, Ph.D.
Katedra biochemie PřF UP Olomouc
Hodnocení vědecké kvalifikace uchazeče
Text hodnocení
Jan Lochman získal magisterský titul v roce 2002 na Přírodovědecké fakultě MU v Brně v oboru biochemie. Zde pokračoval v doktorském studiu pod vedením prof. Vladimíra Mikeše.
V roce 2006 obhájil doktorskou dizertační práci s názvem „Molekulárně-biologické markery interakce rostlina-patogen" a nastoupil na Ustav biochemie do pozice odborného asistenta. Odbornou problematiku disertace dále rozvíjel společně s kolegou dr. Kašparovským i po úmrtí prof. Mikeše v roce 2007. Má rozhodující podíl na zavedení řadu nových experimentálních technik zahrnujících především celotranskriptomové analýzy, analýzy na DNA čipech, heterologní expresi proteinů v expresním systému methylotrofní kvasinky Pichia pastoris, cílenou sekvenaci částí genů a metagenomickou analýzu mikrobiomu. Habilitant se zasloužil o to, že se podařilo zachovat a dále prohlubovat kontakty s francouzskými zahraničními pracovišti (Dijon, Sophia-Antipolis) a nově navázat spolupráci s pracovištěm prof. Tona na universitě v Sheffieldu.
V rámci výzkumu interakce rostlina-patogen skupina dr. Lochmana detailně popsala strukturní motivy proteinů elicitinů, sekretovaných patogenními oomycetami rodu Phytophthora, nutných pro indukci systémové rezistence u rostlin. Na základě těchto poznatků je v současnosti možno provádět cílené mutace a produkovat proteiny vyvolávající silnou systémovou rezistenci u rostlin tabáku a rajčete, které jsou potenciálně dále uplatnitelné v zemědělské praxi. Na modelovém systému rajčete bylo prokázáno, že chemický induktor rezistence u rostlin, kyselina beta-aminomáselná, způsobuje indukovanou rezistenci aktivací signální dráhy ethylenu.
I
Dr. Lochman rovněž dlouhodobě spolupracuje s firmou Elisabeth Pharmacon. Účastnil se vývoje diagnostických souprav určených pro diagnostiku lidských onemocnění (např. hepatitída B a C, celiakie, borelióza) Vyvinuté soupravy jsou v současné době praktický používány na celé řadě klinických pracovišť a to nejen v rámci České republiky, ale celého světa. Výsledkem řešení projektu MPO jsou dva prototypy diagnostických souprav pro diagnostiku chlamydií a neisserií.
Dr. Lochman se autorsky podílel na 27 původních vědeckých článcích v impaktovaných časopisech se souhrnným IF (2015) 71,8, z toho šestkrát jako první a sedmkrát jako korespondující autor. Většina z těchto publikací se zabývá rostlinnou biochemií, šest vzešlo ze spolupráce s doc. Šerým na problematice neurobiologie a molekulární psychiatrie a dvě rozvíjejí téma bakteriální biochemie, jemuž se věnuje skupina doc. Mandla Další výstupy zahrnují 5 článků v neimpaktovaných, ale recenzovaných časopisech, 48 konferenčních abstrakt a 6 prezentací na konferencích. K datu podání návrhu na zahájení habilitačního řízení byly práce dr. Lochmana citovány 174 krát dle SCOPUS. Jeho Hirschův h-index je 7. Byl řešitelem dvou projektů GACR.
Z uvedeného je zřejmé, že rámcové požadavky PřF MU pro habilitační řízení (15-20 původních práce v recenzovaných mezinárodních odborných časopisech, 30-40 citací) byly významně překročeny.
Závěr: Vědecká kvalifikace uchazeče odpovídá požadavkům standardně kladeným na uchazeče v rámci habilitačních řízení v oboru biochemie.
Hodnocení pedagogické způsobilosti uchazeče
Text hodnocení
Habilitant je pedagogicky činný od roku 2006. Za jeho hlavní přínos v pedagogické oblasti lze považovat zavedení nových předmětů C7195 Pokročilé praktikum z biochemie a C4221 Biochemická laboratorní technika včetně vytvoření nových úloh a učebních textů. V předmětu C7860 Rostlinná biochemie provedl inovaci přednášek po prof. Mikešovi v částech asimilace makroprvků a fotosyntéza. V předmětu C7175 DNA diagnostika zajišťuje výuku analýzy polymorfismů DNA a sekvenace DNA. V předmětu C9320 Metody biochemického výzkumu zavedl úlohu týkající se RT-qPCR. Rovněž zavedl a vyučuje úlohu ve cvičení z genetiky pro Střední zdravotnickou školu a Vyšší odbornou školu zdravotnickou Brno. V rámci projektu BiochemNet se podílel na koordinaci dlouhodobých a krátkodobých stáží studentů na partnerských organizacích INRA Sophia Antipolis a Burgundské univerzitě. Pod jeho vedením obhájilo bakalářskou práci 22 studentů a diplomovou práci 17 studentů. Uvedené údaje dokládají, že habilitant je dlouhodobě aktivní v praktické i teoretické formě vysokoškolské výuky. Jeho pedagogická praxe výrazně převyšuje rámcový požadavek PřF MU pro habilitace (3 roky).
Závěr: Pedagogická způsobilost uchazeče odpovídá požadavkům standardně kladeným na uchazeče v rámci habilitačních řízení v oboru biochemie.
Hodnocení habilitační práce uchazeče
Text hodnocení
Předložená habilitační práce má podobu komentovaného souboru 12 autorových publikací, psaného v anglickém jazyku. Úvodní text je siřeji pojatá literární rešerše, do níž jsou začleněny komentáře k vlastním výsledkům. Pro posouzení habilitační práce komise stanovila 3 oponenty, a to prof. RNDr. Břetislava Brzobohatého, CSc. (Mendelova univerzita v Brně),
2
doc. Ing. Lenku Burketovou, CSc. (Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i., Praha) a prof. Mgr. Marka Šebelu, Ph.D. (Univerzita Palackého v Olomouci). Stanovisko všech tří oponentů je pozitivní. Bylo konstatováno, že habilitační práce má zajímavý a vědecky hodnotný obsah, dokládající autorovu erudici a hluboký vhled do studované problematiky. Výhrady měli oponenti ke kvalitě anglického jazyka. Komise doporučuje, aby před definitivním zveřejněním habilitační práce na internetu byl text ještě opraven podle připomínek oponentů.
Závěr: Úroveň habilitační práce uchazeče po obsahové stránce odpovídá požadavkům standardně kladeným na habilitační práce v oboru biochemie.
Výsledek tajného hlasování komise
Počet členů komise Počet přítomných členů Počet odevzdaných hlasů z toho kladných
záporných
5 4 4 4 0
neplatných 0
Návrh komise
Na základě výsledku tajného hlasování následujícího po zhodnocení vědecké kvalifikace, pedagogické způsobilosti a úrovně habilitační práce uchazeče předkládá komise vědecké radě Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity návrh
X
jmenovat uchazeče docentem v oboru biochemie ] na zastavení řízení
V Brně dne 15.12.2016
prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc.
podpis
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.
podpis
doc. Mgr. Marek Petřivalský, Dr........:
podpis
prof. RNDr. Olga Valentová, CSc........
podpis
doc. RNDr. Ludmila Zajoncová, Ph.D
podpis
* Prof. Valentová se zjednání habilitační komise omluvila a vyjádřila souhlasné stanovisko e-mailem.
3