Příloha 9: Stanovisko habilitační komise k návrhu na jmenování docentem Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta MU Biomolekulární chemie RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D. Přírodovědecká fakulta MU, Národní centrum pro výzkum biomolekul Analysis of biomacromolekular structural fragments prof. RNDr. Luděk Matýska, CSc. Masarykova univerzita - Ústav výpočetní techniky prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc. Masarykova univerzita - Přírodovědecká fakulta doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D. Vysoká škola chemicko-technologická Praha Ing. Igor Tvaroška, DrSc. Slovenská Akademie Věd - Chemický ústav Bratislava prof. RNDr. Rudiger Ettrich, Ph.D. Akademie věd ČR - Mikrobiologický ústav Nové Hrady Stanovisko habilitační komise: Hodnocení vědecké kvalifikace uchazeče Text hodnocení Komise pro jmenování RNDr. Radky Svobodové Vařekové, Ph.D. docentkou v oboru Biomolekulární chemie stanovila tři oponenty pro posouzení její habilitační práce, a to Dr. Attila Gyenesei z Vienna Biocenter Core Facilities, Rakousko, prof. Dr. Dušanka Janežič z University of Prímorská, FAMNIT, Koper, Slovinsko a doc. Mgr. Daniel Svozil, Ph.D. z VŠCHT Praha. Všichni oponenti vypracovali posudky s kladným hodnocením habilitační práce. Členové komise se seznámili s posudky i dalšími materiály o uchazečce a společně zhodnotili její dosavadní vědeckovýzkumnou a pedagogickou činnost. Dr. Radka Svobodová Vařeková absolvovala v roce 2000 s vyznamenáním magisterské studium v oboru Biochemie na Přírodovědecké fakultě Masarykovy univerzity. V roce 2003 s vyznamenáním absolvovala magisterské studium v oboru Informatika na Fakultě informatiky MU. V roce 2006 pak v oboru Fyzikální chemie získala titul RNDr. na Přírodovědecké fakultě MU, následně na stejné fakultě v roce 2007 úspěšně obhájila disertační práci a získala titul Ph.D. v oboru Biomolekulární chemie. Vletech 2001 až 2009 pracovala jako vědecký pracovník a následně projektový manažer ve firmě ANF DATA, s níž pak externě spolupracovala až do roku 2011. Od roku 2009 je zaměstnána v Národním centru pro výzkum biomolekul na Přírodovědecké fakultě MU a souběžně od roku 2003 působí jako externí vyučující na Fakultě informatiky MU. Fakulta Habilitační obor Uchazeč Pracoviště Habilitační práce Složení komise: Předseda v Členové V roce 2004 absolvovala čtyřměsíční stáž v Bioinformatics group na Roya College of Surgeone in Ireland v Dublinu v Irsku, v roce 2010 pak následovala měsíční stáž na stejném pracovišti a rovněž na Conway Institute, University College of Dublin, též v Irsku. V rámci svého působení u firmy ANF Data pracovala částečně v zahraničí u Life science group, Siemens Programming and System Engineering, Siemens, Vídeň, Rakousko a u Research & Development Department, Siemens Industrial Mobility and Traffic Systems, Siemens, Mnichov, Německo. V letech 2014 a 2015 absolvovala několik týdenních stáží u Protein Data Bank (Kleywegt team), EMBL-EBI, Hinxton, UK, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark, Lyngby, Dánsko a u RCSB Protein Data Bank Rutgers, The State University of New Jersey, New Jersey, USA. Vědeckovýzkumná činnost Dr. Svobodové Vařekové je zaměřena do dvou hlavních výzkumných směrů, a to Strukturní bioinformatiky a Chemoinformatikz. V oblasti Strukturní bioinformatiky se především specializuje na oblast validace, definice, detekce, porovnávání a charakterizace biomolekulárních fragmentů. V oblasti Chemoinformatiky se dlouhodobě věnuje komplexní oblasti QSPR (quantitative structure-property relationship) modelům a specificky metodám a nástrojům pro výpočet parciálních atomových nábojů v malých i velkých molekulách. Souběžně se věnuje vývoji vědeckých softwarových nástrojů. Vědeckovýzkumné zaměření Dr. Svobodové Vařekové velmi precizně popisuje prof. Dušanka Janežič ve svém oponentském posudku: Dr. Radka Svobodová Vařeková 's research addresses the two fundamental questions in the field of structural bioinformatics. Her research interest is primarily in studying biomacromoleular structural fragments and approaches for their realization. Her research concentrates on these two interconnected goals. The first was the development of methodologies for the analysis of biomacromolecular structural fragments. The second was their application in resolving important biological and chemical questions. Dle podkladů ze zahájení habilitačního řízení výsledky své dosavadní vědeckovýzkumné práce publikovala v celkem 24 impaktovaných časopiseckých publikacích s celkovým IF=110,989, souběžně své výsledky prezentovala na celkem 43 konferencích a vytvořila celkem 8 softwarových děl. Její práce byly citovány celkem 124 krát dle WOS a 29 krát dle dalších zdrojů (SCOPUS a Google Scholar). Aktualizace k době habilitační přednášky přináší další 1 časopiseckou publikaci (kumulativní IF vzrostlo na 114,938), spoluautorství jedné knižní publikace a dalších 10 konferenčních příspěvků. Rovněž přibylo jedno další softwarové dílo. Rovněž přibylo 32 citací (bez autocitací) ve WoS a 7 citací z dalších zdrojů. U 7 (nyní 8) časopiseckých prací a 9 konferenčních příspěvcích je prvním autorem, ze 43 konferenčních příspěvků je více jak polovina (23) v zahraničí, zpravidla s více příspěvky na konkrétní akci. Jako korespondenční spoluautor působila u dalších 7 publikací. V roce 2014 přednesla dvě zahraniční vyžádané přednášky, a to na EMBL-EBI (Hinxton, UK) a v ELIXIR-DK (Kodaň, Dánsko). Dosažené výsledky, dynamika růstu počtu publikací a zejména jejich ohlasů jasně demonstruje kvalitu vědeckovýzkumné práce Dr. Svobodové Vařekové a její impakt. Dr. Svobodová Vařeková má rozsáhlé zkušenosti s industriálním výzkumem, což dokazují i 4 vedené a úspěšně realizované inovační vouchery v rozmezí let 2011 až 2014, z toho dva zahraniční (Rakousko a Slovensko) a dva české (Jihomoravské inovační centrum). V současné době je spoluřešitelem mezinárodního (H2020) projektu ELIXIR EXCELERATE a národní výzkumné infrastruktury ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data. Je rovněž členkou Výboru této výzkumné infrastruktury, kde zastupuje Masarykovu univerzitu. Závěr: Vědecká kvalifikace uchazeče odpovídá požadavkům standardně kladeným na uchazeče v rámci habilitačních řízení v oboru Biomolekulární chemie na MU. Hodnocení pedagogické způsobilosti uchazeče Text hodnocení Dr. Radka Svobodová Vařeková soustavně pedagogicky působí na Masarykově univerzitě na Fakultě informatiky jako externí vyučující v oboru Informatika na bakalářské i magisterské úrovni a od roku 2008 na Přírodovědecké fakultě MU v oboru Biochemie/Chemoinformatika, opět na bakalářské i magisterské úrovni. Na FI MU zavedla nebo spoluzavedla celkem tři samostatné přednášky, související s její výzkumnou aktivitou. Na FI MU stále přednáší v předmětech PV082 Počítačová chemie a PV027 Optimalizace. Na PřF MU se aktuálně podílí na výuce předmětů C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky a rovněž C2136 Pokročilá chemoinformatika a související stejnojmenný seminář C2137. Kromě toho vletech 2012 až 2015 vedla řadu studentských projektů v rámci předmětů Projektový management vědeckých projektů I a II a Proces vývoje vědeckého software I a II, a to i na doktorské úrovni. V letech 2010 a 2011 se pak podílela na výuce předmětu DŮVOD Úvod do doktorského studia na FI MU. Přímou pedagogickou práci se studenty pak realizuje v rámci tří seminářů na Přírodovědecké fakultě MU, z nichž Úvod do matematicky pro chemoinformatilíy a bioinformati!