Příloha 7: Posudek oponenta habilitační práce
Masarykova univerzita
Fakulta Přírodovědecká fakulta MU
Habilitační obor Biomolekulární chemie
Uchazeč Mgr. Lukáš Trantírek, Ph.D.
Pracoviště Středoevropský technologický institut MU
Habilitační práce DNA conformational polymorphism
Oponent Doc. RNDr. Miroslav Fojta, CSc.
Pracoviště Biofyzikálni ústav AVČR, v.v.i.
Text posudku (rozsah dle zvážení oponenta)
Předložená habilitační práce mapuje dosavadní vědeckou práci Dr. Trantírka v oblasti studia studia konformačního polymorfismu nukleových kyselin (především DNA) a jeho role v buněčných regulačních procesech. Je potřeba říci, že se jedná o vědeckou práci mimořádně úspěšnou, což dokládá výběr 16 přiložených článků v plném znění (včetně tří review), publikovaných vesměs ve vysoce kvalitních mezinárodních recenzovaných časopisech. Přiloženým publikacím předchází shrnující text, rozdělený do několika kapitol tématicky zaměřených na určité stránky studované problematiky a uvádějící dílčí soubory publikací s daným zaměřením. Takovéto pojetí habilitační práce je pro čtenáře velice výhodné, neboť mu umožuje v přirozeném sledu získat základní infomace o konformačním polymorfismu DNA v souvislosti se vztahem mezi nukleotidovou sekvencí a schopností DNA vytvářet určité alternativní struktury (s důrazem na guaninové tetraplexy), v souvislosti s vlivem faktorů prostředí a dále z pohledu kinetiky sbalování alternativních struktur. Následuje diskuse biologické role konformačního polymorfismu DNA a jeho využití v nanotechnologiích. Jako oponent i obecně jako čtenář oceňuji podrobný rozbor metodických přístupů umožňujících studovat konformační přechody DNA v buňkách, jimž je věnován v práci značný prostor. Tyto přístupy posouvají úvahy o existenci a úloze alternativních struktur DNA in vivo z roviny do značné míry spekulativní (kdy na základě pozorování v bezbuněčném prostředí byly odvozovány vlastnosti těchto struktur v prostředí buněčném) do roviny přímých pozorování, co se se strukturou DNA v buněčném prostředí skutečně děje. Čtenář tak je udržován v kontaktu s aktuálními poznatky a moderní metodikou, které jsou zasazeny do vzájemné souvislosti. Máme-li na paměti, že se jedná o práci habilitační, kterou má její autor vedle prezentace svých vědeckých výsledků prokázat i pedagogické schopnosti, považuji ji vzhledem k výše řečenému i v tomto ohledu za výborně sestavenou.
Očekává se, že oponentský posudek bude obsahovat také nějaké výtky na adresu autora práce, ať už formálního nebo věcného charakteru. Věcné námitky nemám, pouze dva podněty k rozšiřující diskusi vyjádřené v dotazech níže. Z formálních výhrad snad jen poukaz na určitou nedůslednost v chemickém názvosloví na str. 6 dole, kde je ve výčtu stavebních kamenů DNA jednak chybně uveden „cytosin mono fosfát" (správně cytidin mono fosfát), a jednak v případě DNA se jedná o DEOXYnuklesid monofosfáty. Tato nedůslednost však nevede ke zmatení pojmů a rozhodně nesnižuje kvalitu práce ve smyslu jejího hodnocení v předchozím odstavci.
Dotazy oponenta k obhajobě habilitační práce (počet dotazů dle zvážení oponenta)
1. Podkapitola na str. 22 dole je nazvána „Is the DNA inside the cells automatically in the native conformation?". Tato otázka vyvoláva úvahu, co přesně zde znamená pojem „nativní" a do jaké míry DNA injikovaná do buněk změní podmínky v buněčném (resp. jaderném) prostředí tak, aby samo toto prostředí zůstalo „nativním". Ve zmíněné kapitole jsou tyto problémy diskutovány, ale přesto by bylo dobré tyto otázky stručně shrnout a kriticky zhodnotit biologickou relevanci a případná omezení tohoto druhu experimentů.
2. Lze na základě současných poznatků nalézt souvislosti mezi konformačním polymorŕismem DNA a epigenetickými regulačními mechanismy?
Habilitační práce Dr. Lukáše Trantírka "DNA conformational polymorphism" splňuje požadavky standardně kladené na habilitační práce v oboru Biomolekulární chemie.
Závěr
V Brně, dne 4. června 2016