IUI
MASARYKOVA UNIVERZITA
Příloha č. 11
Posudek oponenta habilitační práce
Masarykova univerzita Fakulta
Přírodovědecká
Obor řízení
Biochemie
Uchazeč
Mgr. Pavel Bouchal, PhD
Ústav biochemie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita Proteomics in molecular oncology and in biotechnology Doc. Mgr. Petr Beneš, PhD
Ustav experimentální biologie, Přírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita
Pracoviště uchazeče
Habilitační práce (název) Oponent
Pracoviště oponenta
Text posudku (rozsah dle zvážení oponenta)
Předkládaná habilitační práce je tvořena dvěmi částmi. V té první autor na 43 stranách textu nejprve popisuje vývoj metod proteomiky v uplynulých cca 20 letech a posléze shrnuje své výsledky dosažené ve dvou tematických okruzích - molekulární onkológii a biotechnologických aplikacích, které ještě logicky rozděluje na několik podkapitol, dle konkrétního zaměření svého výzkumu. V části „Proteomika v molekulární onkológii" se autor zaměřuje především na 1) identifikaci a validaci biomarkerů metastáz u luminálního A subtypu karcinomu mléčné žlázy, 2) verifikaci těchto markerů s využitím metod cílené proteomiky, 3) srovnání proteomického a transkripčního profilu tkání karcinomu mléčné žlázy a 4) identifikaci biomarkerů pro detekci nádorových onemocnění a monitoring účinnosti terapie. V části „Proteomika v biotechnologických aplikacích" autor sumarizuje své výsledky v kontextu dosavadního poznání v oblasti regulace denitrifikace a stresové odpovědi u bakterií a dynamiky změn proteomu bakterií oxidujících síru v odpovědi na rozdílné podmínky růstu. V druhé části autor přikládá celkem 18 původních prací publikovaných v impaktovaných časopisech (7 prvoautorských a 5 jako korespondující autor), 5 publikací indexovaných v databázi SCOPUS a 2 kapitoly v knihách. Oceňuji, že autor práce u každé přiložené publikace vymezuje rovněž svůj podíl na jejím vzniku.
Habilitační práce je psaná velmi dobrou angličtinou a je doplněna celkem 12 obrázky. Drobnou připomínku bych snad měl pouze k některým souvětím, jejichž délka tu a tam způsobovala, že bylo trochu obtížnější sledovat celý tok autorových myšlenek. V práci jsem rovněž nenašel odkaz na obrázek číslo 8, odkaz na obrázek 5d je pak na straně 16 uveden chybně jako odkaz na obrázek ld. To jsou však jen poměrně drobné chybičky na jinak velmi zdařilé práci. Velmi bych chtěl ocenit již celkový koncept celé práce, která poskytuje na poměrně malém prostoru velmi ucelený přehled o vědecké erudici předkladatele, klíčových výsledcích jeho práce a uvedení do kontextu současného stavu poznání. Vydařený je již úvodní historický exkurz do proteomických metod, který velmi
1
IMI
MASARYKOVA UNIVERZITA
přehledně popisuje bouřlivý vývoj v této oblasti v posledním desetiletí. Svůj přehled v této oblasti autor potvrzuje rovněž přiloženými přehlednými články, které se touto problematikou zabývají a které byly publikovány v prestižních zahraničních časopisech.
V oblasti molekulární onkológie se autor zaměřil na několik různých oblastí, ve kterých dosáhl velmi zajímavých výsledků, o čemž svědčí i velmi dobrý citační ohlas jeho prací. Podařilo se mu mimo jiné identifikovat a validovat několik potenciálních markem progrese u luminálního typu A karcinomu mléčné žlázy (transgeliny, PDLIM2, NFkB dráha ...), jejichž exprese by mohla být v budoucnu využita nejen k predikci rozvoje onemocnění, ale rovněž k terapeutickým účelům. Jeho práce rovněž potvrdila použitelnost proteomických přístupů pro klasifikaci karcinomů prsní žlázy a vedla k objevu nových potenciálně využitelných biomarkerů progrese nádorových onemocnění a odpovědi na terapii nového protinádorového léčiva LA-12. Výsledky dosažené v oblasti biotechnologií, pak potvrzují autorovo široké pole působnosti a dokumentují rozsáhlou využitelnost proteomických metod v biologických a biotechnologických oborech.
Ve své vědecké činnosti autor spolupracuje s řadou prestižních světových pracovišť, na některých z nich strávil část své vědecké kariéry, což rovněž hodnotím velmi kladně a svědčí to o tom, že jeho práce je uznávaná vědeckou komunitou.
Celkově práce potvrzuje, že její autor je nejenom zdatným experimentátorem a odborníkem v oblasti proteomiky a jejich metodologických aspektů, ale také, že se autor velmi dobře orientuje v oblastech, kde tuto svou expertizu využívá - tedy v molekulární onkológii a v oblasti regulaci metabolismu a odpovědi na stres u bakterií využitelných v biotechnologiích. O významu a kvalitě autorovi práce svědčí rovněž řada ocenění, jichž se mu dostalo odbornou komunitou.
Dotazy oponenta k obhajobě habilitační práce (počet dotazů dle zvážení oponenta)...
1) Ve své práci autor opakovaně uvádí, že proteiny (a nikoli transkripty) mají strukturní a regulační funkci při tvorbě fenotypu. S tímto tvrzením si dovolím poněkud nesouhlasit. Řada molekul RNA má významné strukturní, katalytické či jiné regulační funkce. Mohl by autor uvést některé příklady takovýchto molekul RNA a případně mírně poopravit své tvrzení.
2) Metody analýzy celého proteomu jsou aplikovány na studium nádorových onemocnění již takřka 20 let. Mohl by autor uvést některé příklady, kdy výsledky proteomických studií vedly k identifikaci biomarkerů či molekulárních cílů biologické terapie, které jsou dnes již využívány v rutinní klinické praxi?
3) Které z proteinů identifikovaných autorem jako možné prediktory metastatického rozsevu u luminálního A typu karcinomu mléčné žlázy autor považuje za nejvhodnější léčebné cíle a proč?
2
1
MASARYKOVA UNIVERZITA
Závěr
Habilitační práce Mgr. Pavla Bouchala, PhD „Proteomics in molecular oncology and in biotechnology" splňuje požadavky standardně kladené na habilitační práce v oboru Biochemie.
V Brně dne 28. 11.2016
podpis
U ÚL
3