Učební text Taxonomie prokaryot je určen studentům bakalářských a magisterských studijních programů řady škol s mikrobiologickou tematikou výuky i laboratorním pracovníkům zajímajícím se o aktuální taxonomii bakterií a archaeí a vychází z rozšířeného a aktualizovaného znění přednášek Taxonomie prokaryot pro studenty PřF MU v Brně. Taxony uvedené v učebnici byly cíleně vybrány pro zvyšující se závažnost nálezů těchto mikrobů v klinickém materiálu, pro jejich význam v biotechnologiích a v neposlední řadě i jako významných biotických činitelů v prostředí, které nás obklopuje a jehož jsme nedílnou součástí. Odlišné taxonomické členění tohoto přehledu, na rozdíl od předchozích „systémů mikroorganizmů“ vycházejících především z fenotypové podobnosti, bylo v této učebnici provedeno na základě aktuálně publikovaných validních údajů o fylogenetické příbuznosti zástupců domén Archaea a Bacteria na úrovni čeledí, řádů, tříd a kmenů.