Obsah Slovo úvodem 9 Úvod 10 Prokaryotní organizmy 12 Klasifikace, nomenklatura, identifikace 15 Klasifikace 15 Molekulární typizace a detekce 17 Sérologie a chemotaxonomie 19 Nomenklatura 21 Identifikace 25 Polyfázová taxonomie 27 Taxonomie domén Archaea a Bacteria - souhrnný přehled 28 Doména Archaea 28 Doména Bacteria 29 Základní charakteristika vybraných zástupců prokaryot z domén Archaea a Bacteria 43 Doména Archaea 43 Kmen Crenarchaeota 44 Třída Thermoprotei 44 Řád Thermoproteales 45 Čeleď Thermoproteaceae 45 Čeleď Thermofilaceae 46 Řád Desulfurococcales 46 Čeleď Desulfurococcaceae 46 Čeleď Pyrodictiaceae 47 Řád Sulfolobales 48 Čeleď Sulfolobaceae 48 Kmen Euryarchaeota 49 Třída Methanobacteria 50 Řád Methanobacteriales 50 Čeleď Methanobacteriaceae 51 Čeleď Methanothermaceae 52 Třída Methanococci 52 Řád Methanococcales 52 Čeleď Methanococcaceae 52 Čeleď Methanocaldococcaceae 53 Třída Methanomicrobia 53 Řád Methanomicrobiales 53 Čeleď Methanomicrobiaceae 54 Čeleď Methanocorpusculaceae 55 Čeleď Methanospirillaceae 55 Řád Methanosarcinales 56 Čeleď Methanosarcinaceae 56 Čeleď Methanosaetaceae 57 Třída Methanopyri 58 Řád Methanopyrales 58 Čeleď Methanopyraceae 58 Třída Halobacteria 58 Řád Halobacteriales 58 Čeleď Halobacteriaceae 59 Třída Thermoplasmata 61 Řád Thermoplasmatales 61 Čeleď Thermoplasmataceae 61 Čeleď Picrophilaceae 62 Třída Thermococci 62 Řád Thermococcales 62 Čeleď Thermococcaceae 62 Třída Archaeoglobi 63 Řád Archaeoglobales 63 Čeleď Archaeoglobaceae 63 Doména Bacteria 64 Bakterie s buněčnou stěnu gramnegativního typu 71 Kmen Proteobacteria 71 Třída Alphaproteobacteria 72 Řád Rhodospirillales 72 Čeleď Rhodospirillaceae 72 Čeleď Acetobacteraceae 73 Řád Rickettsiales 14 Čeleď Rickettsiaceae 75 Čeleď Anaplasmataceae 75 Řád Rhodobacterales 11 Čeleď Rhodobacteraceae 11 Řád Sphingomonadales 78 Čeleď Sphingomonadaceae 78 Čeleď Erythrobacteraceae 79 Řád Caulobacterales 79 Čeleď Caulobacteraceae 79 Čeleď Hyphomonadaceae 81 Řád Rhizobiales 81 Čeleď Rhizobiaceae 81 Čeleď Bartonellaceae 82 Čeleď Brucellaceae 83 Čeleď Phyllobacteriaceae 83 Čeleď Beijerinckiaceae 84 Čeleď Bradyrhizobiaceae 84 Čeleď Hyphomicrobiaceae 86 Čeleď Xanthobacteraceae 88 Čeleď Methylobacteňaceae 89 Třída Betaproteobacteria 89 Řád Burkholderiales 89 Čeleď Burkholderiaceae 90 Čeleď Oxalobacteraceae 91 Čeleď Alcaligenaceae 92 Čeleď Comamonadaceae 93 Řád Hydrogenophilales 96 Čeleď Hydrogenophilaceae 96 Řád Methylophilales 96 Čeleď Methylophilaceae 96 Řád Neisseriales 97 Čeleď Neisseriaceae 97 Řád Nitrosomonadales 100 Čeleď Nitrosomonadaceae 100 Čeleď Spirillaceae 101 Čeleď Gallionellaceae 101 Řád Rhodocydales 102 Čeleď Rhodocyclaceae 102 Třída Gammaproteobacteria 103 Řád Chromatiales 103 Čeleď Chromatiaceae 103 Čeleď Ectothiorhodospiraceae 106 Řád Acidithiobacillales 107 Čeleď Acidithiobacillaceae 107 Řád Xanthomonadales 107 Čeleď Xanthomonadaceae 107 Řád Cardiobacteriales 109 4 Čeleď Cardiobacteriaceae 109 Řád Thiotrichales 110 Čeleď Thiotrichaceae 110 Čeleď Piscirickettsiaceae 112 Čeleď Francisellaceae 113 Rád Legionellales 113 Čeleď Legionellaceae 113 Čeleď Coxiellaceae 113 Řád Methylococcales 114 Čeleď Methylococcaceae 114 Řád Oceanospirillales 115 Čeleď Oceanospirillaceae 115 Čeleď Halomonadaceae 116 Řád Pseudomonadales 116 Čeleď Pseudomonadaceae 116 Čeleď Moraxellaceae 119 Řád ^ Iteromonadales 120 Čeleď Alteromonadaceae 120 Řád Vibrionales 121 Čeleď Vibrionaceae 121 Řád Aeromonadales 123 Čeleď Aeromonadaceae 123 Čeleď Succinivibrionaceae 124 Řad Enterobacterial 125 Čeleď Enterobacteriaceae 12 5 Řád Pasteurellales 13 5 Čeleď Pasteurellaceae 135 Třída Deltaproteobacteria 13 7 Řád Desulfurellales 13 7 Čeleď Desulfurellaceae 137 Řád Desulfovibrionales 138 Čeleď Desulfovibrionaceae 138 Čeleď Desulfomicrobiaceae 138 Čeleď Desulfohalobiaceae 139 Řád Desulfobacterales 139 Čeleď Desulfobacteraceae 13 9 Čeleď Desulfobulbaceae 141 Čeleď Nitrospinaceae 141 Řád Desulfuromonales 141 Čeleď Desulfuromonaceae 141 Řád Syntrophobacterales 142 Čeleď Syntrophobacteraceae 142 Čeleď Syntrophaceae 143 Řád Bdellovibrionales 143 Čeleď Bdellovibrionaceae 143 Řád Myxococcales 144 Čeleď Cystobacteraceae 145 Čeleď Myxococcaceae 147 Čeleď Polyangiaceae 148 Čeleď Nannocystaceae 149 Třída Epsilonproteobacteria 149 Řád Campylobacterales 149 Čeleď Campylobacteraceae 150 Čeleď Helicobacteraceae 151 Kmen Chlamydiae 151 Třída Chlamydiae 151 Řád Chlamydiales 151 Čeleď Chlamydiaceae 152 Kmen Spirochaetes 153 Třída Spirochaetes 154 Řád Spirochaetales 154 Čeleď Spirochaetaceae 154 Čeleď Serpulinaceae 155 Čeleď Leptospiraceae 156 Kmen Fibrobacteres 156 Třída Fibrobacteres 156 Řád Fibrobacterales 156 Čeleď Fibrobacteraceae 157 Kmen Bacteroidetes 157 Třída Bacteroidetes 157 Řád Bacteroidales 158 Čeleď Bacteroidaceae 15 8 Čeleď Rikenellaceae 15 9 Čeleď Porphyromonadaceae 160 Čeleď Prevotellaceae 160 Třída Flavobacteria 160 Řád Flavobacteriales 160 Čeleď Flavobacteriaceae 160 Čeleď ižíattabacteriaceae 163 Třída Sphingobacteria 163 Řád Sphingobacteriales 163 Čeleď Sphingobacteriaceae 163 Čeleď Saprospiraceae 164 Čeleď Flexibacteraceae 164 Čeleď Flammeovirgaceae 166 Čeleď Crenotrichaceae 166 Kmen Fusobacteria 167 Třída Fusobacteria 167 Řád Fusobacteriales 167 Čeleď Fusobacteriaceae 167 Kmen Verrucomicrobia 169 Třída Verrucomicrobiae 169 Řád Verrucomicrobiales 169 Čeleď Verrucomicrobiaceae 169 Kmen Cyanobacteria 170 Třída Cyanobacteria 173 Kmen Chlorobi 175 Třída Chlorobia 175 Řád Chlorobiales 175 Čeleď Chlorobiaceae 175 Kmen Thermotogae lil Třída Thermotogae 178 Řád Thermotogales 178 Čeleď Thermotogaceae 178 Kmen Thermodesulfobacteria 179 Třída Thermodesulfobacteria 180 Řád Thermodesulfobacteriales 180 Čeleď Thermodesulfobacteriaceae 180 Kmen Deinococcus-Thermus 180 Třída Deinococci 180 Řád Deinococcales 180 Čeleď Deinococcaceae 180 Řád Thermales 181 Čeleď Thermaceae 181 Kmen Chloroflexi 182 Třída Chloroflexi 182 Řád Chloroflexales 182 Čeleď Chloroflexaceae 183 Čeleď Oscillochloridaceae 184 Řád Herpetosiphonales 184 6 Čeleď Herpetosiphonaceae 184 Třída Thermomicrobia 184 Řád Thermomicrobiales 184 Čeleď Thermomicrobiaceae 185 Řád Sphaerobacterales 185 Čeleď Sphaerobacteraceae 18 5 Kmen Nitrospira 185 Třída Nitrospira 185 Řád Nitrospirales 185 Čeleď Nitrospiraceae 185 Bakterie s buněčnou stěnou grampozitivního typu 187 Kmen Actinobacteria 187 Třída A ctinobacteria 187 Řád Rubrobacterales 188 Čeleď Rubrobacteraceae 188 Řád Coriobacteriales 188 Čeleď Coriobacteriaceae 188 Řád Actinomycetales 189 Čeleď Actinomycetaceae 191 Čeleď Micrococcaceae 192 Čeleď Rarobacteraceae 193 Čeleď Sanguibacteraceae 194 Čeleď Brevibacteriaceae 194 Čeleď Cellulomonadaceae 194 Čeleď Dermabacteraceae 195 Čeleď Dermatophilaceae 195 Čeleď Dermacoccaceae 196 Čeleď Intrasporangiaceae 197 Čeleď Jonesiaceae 197 Čeleď Microbacteriaceae 198 Čeleď Promicromonosporaceae 199 Čeleď Corynebacteriaceae 200 Čeleď Gordoniaceae 200 Čeleď Mycobacteriaceae 200 Čeleď Nocardiaceae 201 Čeleď Tsukamurellaceae 202 Čeleď Micromonosporaceae 202 Čeleď Propionibacteriaceae 204 Čeleď Nocardioidaceae 205 Čeleď Pseudonocardiaceae 206 Čeleď Actinosynnemataceae 208 Čeleď Streptomycetaceae 209 Čeleď Streptosporangiaceae 211 Čeleď Nocardiopsaceae 213 Čeleď Thermomonosporaceae 213 Čeleď Frankiaceae 214 Čeleď Geodermatophilaceae 215 Čeleď Sporichthyaceae 215 Čeleď Acidothermaceae 216 Čeleď Kineosporiaceae 216 Čeleď Glycomycetaceae 217 Řád Bifldobacteriales 217 Čeleď Bifldobacteriaceae 218 Kmen Planctomycetes 219 Třída Planctomycetacia 219 Řád Planctomycetales 219 Čeleď Planctomycetaceae 220 Kmen Firmicutes 221 Třída Clostridia 221 Řád Clostridials 222 Čeleď Clostridiaceae 222 Čeleď Lachnospiraceae 224 Čeleď Peptostreptococcaceae 225 Čeleď Eubacteriaceae 226 Čeleď Peptococcaceae 227 Čeleď Heliobacteriaceae 228 Čeleď Acidaminococcaceae 228 Čeleď Syntrophomonadaceae 230 Rád Thermoanaerobacteriales 231 Čeleď Thermoanaerobacteriaceae 231 Rád Halanaerobiales 232 Čeleď Halanaerobiaceae 232 Čeleď Halobacteroidaceae 232 Třída 5ací//z 233 Řád Bacillales 233 Čeleď Bacillaceae 233 Čeleď Alicyclobacillaceae 237 Čeleď Caryophanaceae 237 Čeleď Listeriaceae 238 Čeleď Paenibacillaceae 238 Čeleď Planococcaceae 239 Čeleď Sporolactobacillaceae 240 Čeleď Staphylococcaceae 241 Čeleď Thermoactinomycetaceae 243 Řád Lactobacillales 244 Čeleď Lactobacillaceae 244 Čeleď Aerococcaceae 245 Čeleď Carnobacteriaceae 247 Čeleď Enterococcaceae 248 Čeleď Leuconostocaceae 249 Čeleď Streptococcaceae 250 Třída Mollicutes 253 Řád Mycoplasmatales 253 Čeleď Mycoplasmataceae 253 Řád Entomoplasmatales 255 Čeleď Entomoplasmataceae 255 Čeleď Spiroplasmataceae 255 Řád Acholeplasmatales 255 Čeleď Acholeplasmataceae 256 Řád Anaeroplasmatales 256 Čeleď Anaeroplasmataceae 256 Řád Jncertae sedis " 256 Čeleď Erysipelotrichaceae 256 Příloha 1: Bakterie s nevyjasněným taxonomickým postavením 258 Příloha 2: Slovníček vybraných pojmů užitečných pro taxonomii 261 Literatura 266 Rejstřík rodových jmen z domén Archaea a Bacteria 267