historický vývoj organismů od výchozích jednobuněčných forem života; zobecněný soubor základních evolučních trendů a&nbsp;relací systematických jednotek v&nbsp;<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('konkrétní')">*konkrétním</span> <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('prostor')">*prostoru</span> a&nbsp;<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('čas')">*čase</span> (starší formulace: historický vývoj organismů na Zemi). Termín fylogeneze poprvé použil německý přírodovědec Ernst Heinrich <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('Haeckel, Ernst Heinrich Philipp August')">*Haeckel</span> (1834–1919) roku 1866. Fylogeneze vysvětluje vznik, vývoj a&nbsp;případně i&nbsp;zánik jednotlivých skupin organismů a&nbsp;základní průběh evolučních procesů důležitých pro danou skupinu v&nbsp;průběhu biologické <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('evoluce')">*evoluce</span> této skupiny s&nbsp;ohledem na konkrétní časové období a&nbsp;<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('region')">*region</span>, v&nbsp;němž evoluce skupiny probíhala.$Při zkoumání fylogenetických procesů zdůrazňují jednotlivé školy dva aspekty fylogeneze: 1. Existence určitých evolučních trendů a&nbsp;změn v&nbsp;čase; 2. Fylogenetické <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('relace')">*relace</span> mezi jednotlivými <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('taxon')">*taxony</span>, zejména rody a&nbsp;druhy, kdy je otázka časových změn <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('sekundární')">*sekundární</span>. První přístup tedy klade důraz na změny anagenetické, lépe graduální či postupné, druhý upřednostňuje studium změn systematické struktury dané skupiny jako takové, bez ohledu na časové měřítko. Fylogeneze, zejména na úrovni druhové, má řadu vazeb na <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('ontogeneze')">*ontogenezi</span>, individuální vývoj jedince. Některé ze vztahů objasňuje takzvaný biogenetický <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('zákon')">*zákon</span>, i&nbsp;když moderní <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('biologie')">*biologie</span> prokázala jeho omezenou platnost. Pro objasnění fylogeneze mají velký význam výsledky paleontologických a&nbsp;morfologických studií – ať už z&nbsp;oblasti <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('anatomie, srovnávací')">*srovnávací anatomie</span> či <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('embryologie')">*embryologie</span>. Stále důležitější však jsou i&nbsp;studie genetické, biochemické a&nbsp;fyziologické.$V současné době existují dvě základní koncepce studia fylogeneze a&nbsp;z&nbsp;ní vyplývající <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('systematika')">*systematiky</span> organismů: 1. systematika evoluční (<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('evoluce, gradualistická teorie')">*gradualismus</span>), která zdůrazňuje, že fylogenetické procesy probíhají v&nbsp;konkrétním prostoru a&nbsp;čase; zde však převládá subjektivní vymezení kritérií vztahů jednotlivých taxonů; 2. systematika fylogenetická (<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('kladistika')">*kladistika</span>), zaměřená na vyjádření příbuzenských vztahů. Kritéria pro rozlišení znaků obsahujících fylogenetickou informaci formuloval německý entomolog Willi Hennig v&nbsp;70. a&nbsp;80. letech 20. století. Kladistika uznává pouze přirozené monofyletické taxony, tj. skupiny, které obsahují společného předka a&nbsp;všechny jeho potomky, tzv. klady //(clades)//. Základní informaci pro vymezení kladů poskytují sdílené odvozené <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('znaky, synapomorfní')">*znaky synapomorfní</span> (synapomorfie). Hierarchické zařazení příslušné skupiny (řád, třída, kmen apod.) není rozhodující a&nbsp;mnohdy ani možné. V&nbsp;současnosti tento směr převládá, přičemž moderní fylogenetická systematika využívá k&nbsp;<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('rekonstrukce')">*rekonstrukci</span> fylogeneze specializovaných počítačových programů a&nbsp;snaží se přitom zohlednit i&nbsp;časový aspekt. (<span class="linked_term" onclick="showTermNamed('Gaisler, Jiří')">Jiří Gaisler</span>, <span class="linked_term" onclick="showTermNamed('Malina, Jaroslav A.')">Jaroslav Malina</span>)