Co nás čeká?
2
Výpočetní chemie
3
Vztah k chemii
4
Výpočetní chemie
5
Výpočty vs Experiment
6
Simulace reality
7
Simulace reality?
8
Simulace reality?
9
ρ = 1000 kg/m3
= 1 g/ml
NA
= 6,022 ∙ 1023
mol−1
≈ 6,0 mol−1
m = ρV
n = m/M
N = 6,0 ∙ 1024
částic
Simulace reality?
10
ρ = 1000 kg/m3
= 1 g/ml
NA
= 6,022 ∙ 1023
mol−1
≈ 6,0 mol−1
m = ρV
n = m/M
N = 6,0 ∙ 1024
částic
1 hodnota = 4 (8) byte
432 000 000 000 000 000 000 000 000 B
KBMBGBTBPBEBZBYB
4,32 ∙ 1026
B
Simulace reality?
11
Simulace reality?
∙ ∙ ∙ ∙ 31 709 let
12
Simulace reality?
13
Výpočty
Experiment
Superpočítače
14
Co je superpočítač?
15
Superpočítače: Lokální clustery
16
Superpočítače: Česká republika
Metacentrum
17
Superpočítače: Česká republika
IT4Inovation
94 TFLOP/s
Salomon 2 PFLOP/s
848 TFLOP/s
18
FLOPS F P O P S
1 809 779 207
Superpočítače: Svět
TOP500
149 PFlop/s
95 PFlop/s
93 PFlop/s
19
Základní koncepty výpočetní chemie
20
Jak získat počáteční strukturu?
- Stavba molekuly
- Databaze:
CSD 1 000 000
PDB 153 601
- Molecular Docking
21
Virtual screening
22
Porovnání QM vs MM vs CG
23
Molekulová dynamika: pohyb molekul
24
Molekulová dynamika: pohyb molekul
25
Molekulová dynamika: vzorkování
26
Molekulová dynamika: bias
27
Molekulová dynamika: bias
28
Ukázka projektu
29
Mechanismus rozpoznání chyb v DNA
30
Aproximace
31
Geometrický popis páru bazí
32
X-ray struktury a MD
33
MD bias - Gibbsova energie
34
MD bias - Gibbsova energie
35
Opening
36
Opening
37
Co jiného můžeme spočítat?
38
Na závěr
39
Výpočetní chemie a Nobelovy ceny
40
Výpočty mezi Top 100 články
41
12/100
Nové poznatky
42
Děkuji za pozornost
43