Pro heterocykly se využívá systematické, substituční a velice často také triviální názvosloví. Systematické názvosloví využívá tzv. Hantzsch-Widmanův systém. Převážně se používá pro tří- až desetičlenné kruhy monocyklických sloučenin. Pro větší kruhy se pak používá substituční názvosloví.
Tvorba názvů pomocí Hantzsch-Widmanova systému: Název je tvořen předponami, které označují obsažené heteroatomy, a příponami, které udávají velikost cyklu a nasycení kruhu. Přípony jsou navíc rozdílné pro kruhy obsahující dusík.
| Prvek | Předpona | Prvek | Předpona |
|---|---|---|---|
| O | oxa- | Bi | bisma- |
| S | thia- | Si | sila- |
| Se | selena- | Ge | germa- |
| Te | tellura- | Sn | stanna- |
| N | aza- | Pb | plumba- |
| P | fosfa- | B | bora- |
| As | arsa- | Hg | merkura- |
| Sb | stiba- |
| Počet atomů v kruhu | Heterocykly s dusíkatým atomem | Heterocykly bez dusíkatého atomu | ||
|---|---|---|---|---|
| Nenasycený kruh | Nasycený kruh | Nenasycený kruh | Nenasycený kruh | |
| 3 | -irin | -ridin | -iren | -iran |
| 4 | -et | -etidin | -et | -etan |
| 5 | -ol | -olidin | -ol | -olan |
| 6 | -in | -an | -in | -an |
| 6, cykly s B, P, As, Sb | -in | -an | -inin | -inan |
| 7 | -epin | -epan | -epin | -epan |
| 8 | -ocin | -okan | -ocin | -okan |
| 9 | -onin | -onan | -onin | -onan |
| 10 | -ecin | -ekan | -ecin | -ekan |
Název heterocyklu se podle substitučního principu tvoří tak, že heterocyklický systém převedeme na karbocyklický, náhradou všech heteroatomů atomem uhlíku. Tento uhlovodík pak pojmenujeme dle zásad názvosloví uhlovodíků a bezprostředně před tento název umístíme patřičné předpony, charakteristické pro obsažený heteroatom, seřazené dle priority.