2.3 Balíky

Všechny funkce, datové struktury, data i vše ostatní je v R organizováno do balíků. Základní balíky (base, methods, datasets, utils apod.) jsou přítomny v každé instalaci R a načtou se automaticky při jeho spuštění. Ostatní balíky je potřeba nainstalovat a před použitím načíst do paměti “ručně”. Seznam balíků, které máte aktuálně nainstalované, můžete v RStudiu zobrazit v záložce Packages. Balíky, které jsou aktuálně načtené do paměti, mají v seznamu zapnuté zaškrtávátko.

Pokud máte nějaký balík nainstalovaný, můžete jej začít používat. R však samo o sobě o objektech uložených v balících neví. Před jejich použitím je tedy třeba načíst balík do paměti (ve skutečnosti se načtou jen jména objektů v balíku do cesty, ve které R jednotlivé objekty hledá). K tomu slouží funkce library():

library(dplyr)   # v závorce je jméno funkce

Data a funkce z balíku je možné využít i bez jeho načtení pomocí operátoru ::, kterým se oddělí jméno balíku a jméno funkce. To se hodí zejména ve dvou situacích: 1) Při načtení nového balíku se někdy stane, že objekty z nově načteného balíku překryjí data a funkce z balíku, který jste načetli dříve. Dvojtečkový operátor vám umožní použít i tyto “překryté” objekty. 2) Někdy chcete použít jen jednu funkci a nechcete načítat celý balík. Pokud bychom tedy nenačetli balík dplyr, stále bychom mohli použít jednu z jeho funkcí takto:

dplyr::anti_join()  # jméno_balíku::jméno_funkce()

Pokud ovšem máte balík načtený pomocí funkce library(), můžete funkci zavolat jen jejím jménem bez jména balíku:

anti_join()  # jméno funkce z načteného balíku

Pokud chcete pouzit jakykoli balik, musite jen nejdrive nainstalovat. Instalace baliku v R je snadna, protoze jejich valna vetsina je k dispozici v centralizovanych repositarich. Hlavnim repositarem je CRAN (https://cran.r-project.org/). V RStudiu nainstalujete balíky z CRANu tak, že v záložce Packages kliknete na tlačítko Install. (Při první instalaci je třeba nastavit adresu zrcadla CRANu, ze kterého se budou balíky stahovat. Doporučuji použít zrcadlo Global CDN RStudio.) K ruční instalaci balíků slouží funkce install.packages(). Balíky se neustále vyvíjejí (většinou zlepšují) a obvykle je dobré mít instalovány poslední verze. K aktualizaci balíků nainstalovaných z CRANu slouží v RStudiu v záložce Packages klikátko Update.

Krome CRANu existuje i nekolik dalsich repositaru. Nejvyznamnejsim z nich je GitHub. GitHub (https://github.com/) obsahuje vyvojove verze baliku a nove baliky, ktere se dosud nedostaly na CRAN. Navod, jak instalovat baliky z GitHubu, najdete na https://goo.gl/ttEz9J.

Implicitně se balíky instalují do uživatelského adresáře. V tomto adresáři se vytvoří vždy nový podadresář pro každou novou verzi R. To je proto, že při větší aktualizaci R už nemusejí původní balíky fungovat a je třeba je znovu stáhnout nebo zkompilovat.

Ve Windows se může stát, že R není schopné standardní uživatelský adresář využít. Typickým důvodem je to, že cesta k němu obsahuje mezery nebo písmena s diakritikou (např. když se váš uživatelský účet jmenuje Uživatel). V tomto případě je potřeba vytvořit vhodný adresář jinde (např. C:\Rlibs), a pak k němu nastavit cestu. To jde udělat dvěma různými způsoby:

  1. Kliknete na Start, otevřete Ovládací panely (Control panel), v nich vyberete Uživatelské účty (User Accounts) a v nich zvolíte Změnit pracovní prostředí (Change my enviromental variables). Zde pak vytvoříte (nebo jen zeditujete, pokud už existuje) systémovou proměnnou R_LIBS_USER. Její obsah nastavíte na cestu ke svému zvolenému adresáři. Pokud chcete nastavit více cest, oddělíte je středníkem.

  2. Ve Windows i v Linuxu můžete také nastavit alternativní cestu k uživatelsky instalovaným balíkům i tak, že do příslušného konfiguračního souboru přidáte na konec následující kód:

.libPaths(c("C:/Rlibs"))

Pozor: místo zpětných lomítek používejte obyčejná lomítka (jinak musíte zpětná lomítka zdvojit, tj. psát \\). Můžete použít buď systémový konfigurační soubor Rprofile.site (při standardní instalaci je ve Windows umístěn v adresáři C:\Program Files\R\R-X.X.X\etc, kde X.X.X je číslo verze R, v Linuxu v adresáři /usr/lib/R/etc/Rprofile.site), nebo osobní konfigurační soubor .Rprofile. K zápisu do systémového konfiguračního souboru potřebujete administrátorská práva.

Umístění nově instalovaných balíků pak můžete nastavit i ve funkci install.packages(), kde to uděláte pomocí parametru lib = "C:/Rlibs".