2.1 Instalace R

Analyzovat a vizualizovat data v R se nenaučíte čtením knihy: sami si musíte hrát s R a experimentovat se skutečnými nebo simulovanými daty. K tomu budete potřebovat mít R nainstalované na svém počítači. V tomto oddíle stručně popíšeme, jak R instalovat ve Windows a v Linuxu. Instalace je v obou případech nenáročná; v Linuxu vám poskytneme několik rad, jak optimalizovat výkon R.

Vlastni navod k instalaci i instalacni soubory najdete na https://cran.r-project.org/. Instalace ve Windows je jednoduchá. Mimo jiné ji ukazuje tento tutoriál: http://youtu.be/Ohnk9hcxf9M. Určité problémy mohou vzniknout, pokud máte v cestě ke svému domovskému adresáři mezery a písmena s háčky a čárkami. (Těm je však lepší se vždy vyhnout.) Pokud by standardní cesty kvůli mezerám, háčkům a čárkám nefungovaly, je možné nastavit jiné cesty, viz dále.

V mnoha distribucích Linuxu je R obsaženo přímo ve standardních repositářích, a to včetně jednotlivých přidaných balíků. Doporučuji se těmto balíků vyhnout. Rozumnější je postupovat podle návodu na výše uvedené stránce: přidat si CRAN do repositářů a nainstalovat pouze jádro R a ty balíky, které CRAN nabízí v binární podobě. Ostatní balíky si nainstalujete přímo v R. Tak budete mít vždy aktuální verze.

R pouziva k maticovym vypoctum standardni numericke knihovny BLAS a LAPACK. Existuje nekolik verzi techto knihoven, ktere se od sebe velmi lisi vykonem. Mezi nejlepsi patri OpenBLAS, AtlasBLAS a Intel MKL (pouze pro procesory znacky Intel). V Linuxu se implicitne pouziva neprilis efektivni verze techto knihoven, proto doporucujeme nainstalovat a zvolit nekterou efektivnejsi verzi. Vyrazne tak zrychlite mnoho svych vypoctu. Nez si zvolite jednu z techto knihoven, podivejte se na aktualni vysletky testu vykonosti na internetu. (V soucasnosti je asi nejlepsi obecnou volbou OpenBlas.)1

V Ubuntu naistalujete jednotlivé knihovny takto:

# instalace OpenBLAS
sudo apt install libopenblas-base
# instalace ATLAS
sudo apt install libatlas3-base liblapack3
# intalace Intel MKL
sudo apt install intel-mkl-full

Poslední nainstalovaný BLAS by se měl automaticky použít. Později jej můžete zkonfigovat takto:

# volba BLAS
sudo update-alternatives --config libblas.so.3-x86_64-linux-gnu
# volba LAPACK
sudo update-alternatives --config liblapack.so.3-x86_64-linux-gnu

Funkce sessionInfo() v R vypíše, kromě jiných informací, i to, který BLAS a LAPACK vaše R používá. V ostatních distribucích Linuxu budete zřejmě postupovat analogicky.

Volba efektivnějších verzí BLAS a LAPACK ve Windows je podstatně obtížnější a může zahrnovat kompilaci daných knihoven i vlastního R. Pokud si ji chcete vyzkoušet, hledejte na Internetu nejnovější návod.

  1. Pri volbe alternativnich knihoven BLAS a LAPACK vsak budte opatrni. Minimalne v Ubuntu 20.04 jsou knihovny OpenBlas a Intel MKL pokazene - nekdy skonci chybou, nekdy vraci nahodny vysledek. V teto verzi je tedy nejlepsi pouzit Atlas. Pro jine verze googlete.↩︎