Když vyhovuje jiný datový model (většinou relační).
U aplikací se specifickými požadavky (výkon).
Když potřebujeme vlastnosti, které zatím běžně dostupné XML databáze neposkytují
XML databáze jsou zatím v plenkách
Nedosahují robusnosti relačních databázových systémů (transakce, souběžný přístup, škálovatelnost).
Chybí plná podpora standardů.
Metody pro indexování a optimalizaci vyhodnocování dotazů se teprve vyvíjí.
XML databáze nejsou a nikdy nebudou následníkem relačních databází; tvoří k nim alternativu vhodnou pro určité typy dat a aplikací.