IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2008 IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Před týdnem Bioinformatika zpracování hromadních molekulárně­biologických dat posledních cca. 30 let data: genomika a proteomika sekvence struktury interakce a jiné funkce expresní data sekvence 277 genomů (http://www.cbs.dtu.dk/services/GenomeAtlas/) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky http://www.dnaftb.org/dnaftb/ Klasická genetika Genetické molekuly Organizace a řízení genetických procesů Princip rakoviny http://www.dnalc.org/home.html IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Hierarchie biologických struktur IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Kořeny genetiky Gregor J. Mendel V pokusech s rostlinami si všiml, že potomství dvou rodičů nezávisí na jejich vzhledu /fenotyp/, nýbrž na jakýchsi symbolicky popsaných faktorech, které do značné míry odpovídají dnešnímu označení gen /genotyp/ IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Molekula DNA Objevena 1869 , považována za příliš jednoduchou Polymerická molekula, monomerem je: deoxyribonukleotid /DNA/ ribonukleotid /RNA/ Symbolické značení A,C,G,T,U Spirálovitá prostorová struktura IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Nukleotidy IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Zastoupení nukleotidů v různých organismech Organizmus %A %G %C %T A+G T+C A+T G+C E.coli 24.7 26.0 25.7 23.6 1.03 0.93 S.lutea 13.4 37.1 37.1 12.4 1.04 0.35 S.cerevisae 31.3 18.7 17.1 32.9 1.09 1.79 H.sapiens 30.9 19.9 19.8 29.4 1.00 1.52 Dedukce: Nukleotidy se vyskytují v párech From A.L.Lehninger (1970), Biochemistry, Worth Publishers, New York IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Difrakce na molekule DNA Difrakce krystalické DNA z roku 1952 od Rosalind Franklin Svědčí o periodicitě 0.3nm a 3.4nm IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Struktura DNA Tento obrázek a jedna stránka textu pomohli autorům k Nobelově ceně. Přínos Rosalind Franklin ve formě pečlivého zkoumání krystalů v té chvíli oceněn nebyl. Poštovní známka k 50. výročí objevení struktury DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Struktura DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Struktura DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Uspořádání DNA v jádře Uspořádání Počet nukleotidů Relativní délka k jádru Lineární 10000 600000 Plošné 25 mil 240 Prostorové 62.5 mld 0.1 Prostorové uspořádání DNA se 12000000 nukleotidy v jádře o rozměrech 0.0034 mm (rozměry jednoho páru nukleotidů dle modelu Watsona a Cricka jsou 1.36 × 0.34nm). IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Základní pravidla DNA RNA protein retroviry: RNA DNA jeden gen jeden protein RNA geny kódují RNA alternativní sestřih umožňuje tvorbu několika proteinů post-translační modifikace umožňují vznik různých forem jednoho typu proteinu IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Exprese genů IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Replikace DNA Hlavní enzymy helikáza, DNA polymeráza Templát DNA Substrát deoxyribonukleotidy Produkt DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Replikace DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Transkripce Hlavní enzymy RNA polymeráza Templát DNA Substrát deoxyribonukleotidy Produkt DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Transkripce přenáší část genetické informace z DNA na mobilní mRNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Translace Hlavní enzymy ribozom Templát RNA Substrát aminokyseliny Produkt protein (bílkovina, peptid) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Translace probíhá na ribozomech IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Triplety nukleotidů kódují jednotlivé aminokyseliny IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Kód sprostředkovává tRNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Kontrolní otázky 1. DNA určitého organizmu obsahuje 17% tymínu (T). Jaký je obsah cytozínu (C)? 2. Jaká je komplementární sekvence k sekvenci 5-ACGT-3? Co je na těchto sekvencích zajímavé? Jaké vlastnosti by mohl mít protein, který se váže na DNA s takovou sekvencí? IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Outline Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce proteinů Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Struktura proteinů Primární sekvence aminokyselin Sekundární hlavně -helix a -struktura Terciární 3-D uspořádání Domény jedna nebo víc na protein Kvartérní komplexy skládající se z více podjednotek IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Skládání proteinů a druhý kód Mnoho čerstvě syntetizovaných proteinů se poskládá do své finální podoby bez pomoci dalších faktorů. demonstrováno na konkrétním proteinu (Anfinsen, 1966, ribonukleáza A) terciární struktura je zakódována v primární struktuře (kód dodnes neobjeven!) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Protein folding IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Fyzikálně­chemické vlastnosti aminokyselin IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Aminokyseliny můžou být vůči sobě různě orientovány Torzní úhly: , , cis ( = 0) trans ( = 180) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Ramachandranův diagram IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky -helix IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky -skládaný list IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Otočky nebo smyčky (angl. turns) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Disulfidický (cysteinový) mostík IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Zobrazení 3-D struktury proteinu IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Kvarterní struktura hemoglobinu IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Dílčí funkce proteinů Enzymy katalyzátory znižují energetický práh reakcí substrát se proměňuje v produkt aktivní místo Interakce protein-protein Interakce protein-DNA Interakce protein-ligand Transdukce signálu, regulace Strukturní proteiny (vlákna, glykoproteiny) Transportní Póry a kanály Pumpy Motory IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Motory IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky ATPáza IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Kanál umožňuje iónům proniknout membránou IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Receptor cyklického AMP (dimer a DNA) IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Prion ve formě PrPc a PrPSc IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Struktura DNA Z historie DNA je nosičem genetické informace DNA má strukturu antiparalelní spirály Centrální dogma a genová exprese Replikace DNA Transkripce Translace Genetický kód Struktura proteinů Primární struktura (Sekvence) Sekundární struktura Terciární struktura (domény) Kvartérní struktura (komplexy) Funkce protein ů Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky Příště Nástroje mol.biologie, genomiky a proteomiky IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Dodatek For Further Reading Outline Dodatek IV107 Bioinformatika I Přednáška 2 Dodatek For Further Reading For Further Reading Projekt SIMAP http://www.czechnationalteam.cz/view.php?nazevclanku= simap&cisloclanku=2007020002 http://www.rozhlas.cz/leonardo/priroda/ zprava/321214