IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2008 IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Předchozí týden Analýza proteinových sekvencí identifikace domén predikce sekundární struktury modelování a predikce 3-D struktury IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Křížová DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Triplexová DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Tetraplexová DNA IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními datyDuplicitní sekvenční vzory a jejich vztah k struktuře DNA Repeat (angl.): inverted (palindrom) křížová DNA, vazební místo dimerů tandem posun v DNA (slipped DNA), periodické substruktury, telomery dispersed mobilní DNA, libovolní funkční motivy IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Tandemové opakování sekvence v genomu C.elegans http://tandem.bu.edu/benson.html IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Sequence landscape 2 2 2 3 \ 3\ 2 3 2 2 2 3 5 5 5 3 2 5 5 5 5 5 5 3 5 a g t c c g a t c c t c t g t IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty DNA landscape IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Xlandscape - rozdíl Odčítáme hodnoty zjištěny ve dvou databázích. Pokud je rozdíl dostatečně velký, zvýrazní se daná hodnota barevně. IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Xlandscape - neočekávaná frekvence Např. očekáváme, že fo(ACGTA) = f(ACGT) × f(A) IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty TRANSFAC/TESS http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess Jaké sekvence rozpoznava transkripční faktor Egr-1 ? Jaký faktor se váže na sekvenci GATATACGG IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu/ IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Základem fylogenetické analýzy je znalost párových vzdáleností A B C D A 0 B 3 0 C 2 4 0 D 3 1 2 0 Vzdálenostní matice IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Metody konstrukce stromů UPGMA Neighbor-joining Maximum parsimony Maximum likelihood http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/3/36/ITOL Tree of life.jpg IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními datyNewick format (A : 0.1, B : 0.2, (C : 0.3, D : 0.4) : 0.5); IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty UPGMA A B C D A 0 B 3 0 C 2 4 0 D 3 1 2 0 A DB C A 0 DB 3 0 C 2 3 0 d(DB, X) = d(D,X)+d(B,X) 2 IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Fylogenetický strom příbuznosti DNA primátů IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Genographic Project - http://www.nationalgeographic.com/genographic/ Zkoumáním DNA na chromozomu Y byla zjištěna příbuznost křesťanů v Libanonu s Evropany. Nejpravděpodobnějším vysvětlením je, že se jedná o potomky křižáků. IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty X IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Zvláštní struktury DNA Interakce DNA-protein Interakce protein-protein Fylogenetické analýzy Příště Práce s expresními daty Příště Práce s expresními daty IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Dodatek For Further Reading Outline Dodatek IV107 Bioinformatika I Přednáška 7 Dodatek For Further Reading For Further Reading X