Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
Info
Term
Spring 2009

Přednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Jaro 2009. Bude se scházet 2 h týdne (út 12:00-13:50, B011).

Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.

Klade si za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky). Předmět poskytne studentům informatiky a jiných nebiologických oborů nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači. Seznámí studenty s vybranými přístupy k řešení těchto problémů a upozorní na ty oblasti, kde náš pokrok nejvíce závisí na vhodných aplikacích informatiky. Pokročilejší studium vybraných algoritmů, práce s daty a navrhování vlastních výpočtů je náplní navazujících kurzů IV108 Bioinformatika II a IV110 Projekt z bioinformatiky. Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, součástí je kontrolní test uprostřed semestru, ukončen bude písemnou zkouškou.

 

 

Do diskusního fóra směřujte, prosím, dotazy a příspěvky, které jsou relevantní pro Vaše kolegy a týkají se nějakým způsobem kurzu. Pokud máte otázku ryze osobní, použijte e-mail.

ZMĚNY A NOVINKY

 

- Vypisal som v ISe skusobne terminy 19.5., 2.6, 16.6. a 30.6 (Ut 12:00 B011). Ak niekomu utorok vobec nevyhovuje, poslite mi, prosim, do konca semestra e-mail, pridam este piaty termin skusky.

- 28.4.2009. 14:00 D2 Dr. Calin A. Belta, Boston University "Scalable algorithms for analysis of gene and metabolic networks"

- V piatok má svoj sviatok DNA, na E-bay sa začína dražba možnosti nechať si osekvenovať svoj genóm (spomínate si na Personal Genomics?). Vyvolávacia cena USD 68000. Viď správa CNN na http://edition.cnn.com/2009/HEALTH/04/23/genome.ebay/index.html

- po prednaske 21.4. sa nasla v lavici modra bunda, visi na vesiaku v miestnosti

- do 21.4.2009 - opravný test. Přesný termín a místo budou určeny podle zájmu, přihlašte se e-mailem do 12.4. Pozor, získané body se krátí o 20% a přihlášením na test strácíte body získané na testu předcházejícím.

- 31.3.2009 píšeme semestrální test. Příjmení Kr-Z 12:00-12:55, A-Kq 13:00-13:55.

Oba testy budou mít stejný formát, polovina otázek s volbou, polovina s krátkou odpovědí. Náplní bude oblast pokryta přednáškami do 18.3. v rosahu informací v učebnici, s důrazem na problematiku zmíněnou v přednáškách, obsaženou v odpovědnících a materiálech spřístupněných v osnovách v ISu. Je potřeba orientovat se v terminologii molekulární biologie, ale i v základních principech (stavba a funkce informačních molekul, proteinů, struktura genu, techniky práce s DNA, práce se sekvencemi a data uložena v základních databázích a jejich využití).

V reakci na několik dotazů ohledně náhrady/opravy testu: případným zájemcům umožním absolvovat podobný test v dubnu, ale s tím, že získaný počet bodů bude snížen o 20% a do úvahy bude brán jenom posledně psaný test. Studentům, kteří měli vážné důvody k neúčasti (evidované studijním oddělením) samozřejmě umožním plnohodnotnou náhradu testu.

- 3.3.2009 (D2, 14:00)

Vazeni,
pozyvam vas na dnesne informaticke kolokvium na ktorom bude prednasat
Doc.ing. Petr Sosik PhD, Univerzita v Opave na temu
"DNA computing - Quo vadis"
Predaska bude v cestine
prof.gruska

Chapter contains:
1
ROPOT
4
PDF
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 16/2/2009 to 22/2/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Video
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 23/2/2009 to 1/3/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 2/3/2009 to 8/3/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Study text
1
Web
Teacher recommends to study from 9/3/2009 to 15/3/2009.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
9
Web
Teacher recommends to study from 16/3/2009 to 22/3/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 23/3/2009 to 29/3/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 6/4/2009 to 12/4/2009.
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Video
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 13/4/2009 to 19/4/2009.
Chapter contains:
1
Other files
1
PDF
2
Video
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 20/4/2009 to 26/4/2009.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 27/4/2009 to 3/5/2009.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 4/5/2009 to 10/5/2009.
Chapter contains:
3
Video
3
Web
Teacher recommends to study from 6/5/2007 to 12/5/2007.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 13/5/2008 to 19/5/2008.
Chapter contains:
5
Folder
3
Web
Chapter contains:
1
Study text
3
Web
Previous