HSQLDB může pracovat ve třech režimech:
běží v rámci procesu klientského programu, není nutné spouštět zvlášť, pouze v programu přistoupíme k databázi pomocí zvláštního URL - viz manuál HSQLDB nebo příklady
DB server běží zvlášť, tudíž je přístupný více klienty, tabulky se ukládají na disk
dtto, přístupné přes HTTP přes mini HTTP-server