Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 11 - Dynamická analýza sítí

Vymodelujte proces kooperativní vazby dvou TF k DNA dle slidu 24 z přednášky a proveďte simulaci pro iniciální podmínky uvažující 1 kopii genu (DNA=1).

Stáhněte výše uvedený model a relevantní sadu parametrů.

Otevřete v nástroji Dizzy výše odkazovaný model transkripce. Nakreslete schéma modelovaného regulačního procesu.

Popis modelu je dostupný na výše uvedeném odkazu.

Proveďte simulaci.

Rozšiřte model o jednotlivé fáze transkripce dle přednášky.