Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 11 - Dynamická analýza sítí
Vymodelujte proces kooperativní vazby dvou TF k DNA dle slidu 24 z přednášky a proveďte simulaci pro iniciální podmínky uvažující 1 kopii genu (DNA=1).
Stáhněte výše uvedený model a relevantní sadu parametrů.
Otevřete v nástroji Dizzy výše odkazovaný model transkripce. Nakreslete schéma modelovaného regulačního procesu.
Popis modelu je dostupný na výše uvedeném odkazu.
Proveďte simulaci.
Rozšiřte model o jednotlivé fáze transkripce dle přednášky.