Na příkladu modelu kooperativní aktivity transkripčních faktorů z předch. přednášky (auth/el/1433/jaro2011/PB051/um/transcomplex.dizzy) proveďte stochastické simulace následujícími metodami:

• Direct Gillespie
• Gibson-Bruck
• Tau-Leap Simple

V modelu transkripce z předchozí přednášky sledujte proměnné mRNA1 a mRNA2 z pohledu stochastické simulace. Porovnejte stochastické metody a zaměřte se na srovnání výsledků metod tau-leaping a exaktních metod. Zvyšujte hodnotu přípustné chyby metody tau-leaping. Sledujte časové okno 0-800.

Tutéž analýzu proveďte z pohledu deterministické simulace. Vyzkoušejte všechny deterministické metody a porovnejte výsledky se stochastickou simulací. Která ze sledovaných proměnných vykazuje větší variabilitu?

Sledujte vývoj proměnné protein1 a srovnejte stochastickou simulaci s deterministickou.

Sledujte chování proměnné LR v kontextu stochastické i deterministické simulace.

V nástroji Dizzy vymodelujte jednoduchý model zahrnující degradační reakci Y -> charakterizovanou det. kinetickou konstantou k=15s^{-1}. Uvažujte iniciální nastavení Y=1.

Porovnejte simulaci deterministickými metodami při následujícím nastavení parametrů simulace:

Modifikujte parametry simulace a sledujte efekt na jednotlivé algoritmy.