Najděte v databázi ArrayExpress experimenty relevantní pokusům na Saccharomyces cerevisiae a prohlédněte získaná data.

Jaké expresní profily má gen gal4 při podmínkách nedostatku dusíku a uhlíku?

Najděte geny s podobným profilem exprese při těchto podmínkách.

Najděte v databázi GenExpDB expresní profil zjištěný pro regulon flhD (centrální regulátor konstrukce filamentu).

Prohlédněte na barevné stupnici podmínky, při nichž byl gen nejvíce/nejméně vyjádřen.

Zaměřte se na experiment s registračním číslem GSE12006 a zobrazte grafy příslušných naměřených dat. Data tohoto experimentu byla naměřena na komerčních oligonukleotidových DNA array. Hodnota VALUE zachycuje intenzitu exprese daného genu. Pro korektní zorbazení data je nutné zvolit normalizaci a logaritmizaci. Vhodný graf pro zobrazení je M/Bnum - X-osa: geny, Y-osa: naměřená upravená hodnota exprese. Pro zobrazení grafu je nutné porovnat testovaný experiment (měření po odběru dusíku v požadovaném čase) vzhledem ke kontrolnímu měření (počáteční měření 15min před odběrem dusíku).

Exportujte získaná data do textového souboru (download data).

Otevřete Cytoscape a importujte do něj výše odkazovanou genovou regulační síť E.Coli.

Importujte (jako atributy uzlů) expresní data získaná z GenExpDB a vizualizujte je prostřednictvím VizMapperu.