PBO51 Výpocetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
PBO51 Výpocetní metody v bioinformatice a systémové biologii
Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlíž
Katedra informacních technologií Masarykova Univerzita Brno
Jaro 2O11
Outline
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
Informace o kurzu
Genomové data prohlížece
Kontaktní údaje
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Dr. Matej Lexa, C506 (lexa@fi.muni.cz)
► Kurz: Út 10:00-11:50 (B116)
► Konzultace: Čt 13:00-15:00 (C506)
► http://www.fi.muni.czriexa/teaching.html
Klasifikace
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Hodnotí se
- Úkoly 4x5 bodů
- Cvičení 30 bodů
- Zkouška 50 bodů
► Klasifikační stupnice
- A91 - 100 «► B 81 - 90
- C 71 -80
- D 61 -70 «► E 51 -60
- F méně než 51
Osnova
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Analýza dat v genomovém kontextu
► Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice
► Statická analýza sítí
► Dynamická analýza sítí
Analýza dat v genomovém kontextu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, Argo, GBrowse)
► Základní funkce UCSC Genome Browser
► Pokročilé funkce UCSC Genome Browser
► Programovatelný přístup ke genomu přes rozhraní Biomart
Aplikace Markovovských modelů v SSSSTÄi
' * bioloaii - Tvden 1
PB051 Výpočetní metody v nformatice a systém biologii - Týden 1
bioinformatice
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Markovo vy řetězce
► Markovovy řetězce proměnného řádu
► Skryté Markovovské modely
► HMM profily
► HMM pro identifikaci genů
Náplň předmětu - část systémová biologie
11 J biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► metody a nástroje statické analýzy
- integrace dat
- rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat
- analýza interakční sítě jako obecného grafu
► metody a nástroje dynamické analýzy
- deterministické simulační techniky
- stochastické simulační techniky *■ metody odhadování parametrů
Metody a nástroje statické analýzy
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► integrace dat
*■ nástroje: Genome-Matrix, Gaggle rekonstrukce sítí
- nástroje: Genomica, GeneNetworks
► analýza sítí
- nástroje: Cytoscape, VisAnt
Metody a nástroje dynamické analýzy
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► deterministické simulace
- nástroje: Dizzy, COPASI
► stochastické simulace
- nástroje: Dizzy, STOCKS
► odhadování parametrů
- nástroje: COPASI, BioCHAM
Outline
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
Informace o kurzu
Genomové data prohlížece
Biologie genomu
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Biologie genomu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Biologie genomu
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Získávání experimentálních dat o genomu SSSST^Sí
1 ^ biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► organizace (konfokální a elektronová mikroskopie)
► sekvenace
► mapování metylace, nukleozomů
► měření transkripce (RNA-Seq, DNA čipy)
► identifikace regulačních sekvencí (Chip-Seq)
► funkce genů - podrobný výzkum
In silico anotace sekvence genomu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► predikce genů
► homologie (zjišťování podobnosti sekvencí)
Struktura genomu
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížeče
► Geny kódující
*■ proteiny (exon, intron)
- RNA
► Regulační sekvence
- promotory
- enhancery *■ jiné
► Repetitivní sekvence
► Cizí sekvence
- viry
*■ transpozony
► Oblasti podobnosti (homology)
- SNP
- delší strukturní variace
UCSC Genome Browser
PB051 Výpocetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
Ensembl Genome Browser
PB051 Výpocetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
GBrowse
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Argo
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
DecodeMe Browser
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Golden Helix Genome Browser
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
IGB
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
JGI Browser
PB051 Výpocetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
Informace o kurzu Genomové data prohlížece
RIKEN
Genome
Browser
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1
GenoDive
PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1