Ukol 2 (5 bodu)

Pomoci nastroje Jahmmviz vytvorte jednoduchy HMM na predikci sekundarni struktury proteinove sekvence "ukolHMM.fasta"(nahrana v Isu) a analyzujte ji pomoci tohoto modelu.

Jak jiz zadani nappovida povoluje se vytvorit HMM tak aby predpovidal sekundarni strukturu pouze teto konkretni sekvence. Muzete tedy zjistit sekundarni strukturu teto sekvence na internetu a pouzit tuto znalost k vytvoreni modelu (tedy takova analyza kruhem :-). 

Pro preklad sekvence z formatu Fasta do ciselneho formatu pouzitelneho v Jahmmviz muzete pouzit programek DataConvertor.


Odevzdejte ulozeny HMM a ulozenou sekvenci skrytych stavu s popisem ktere stavy odpovidaji a-Helixu, ktere b-Strandu a ktere zbytku.

Odevzdavejte na mail: vojtab@mail.muni.cz

Pripadne dotazy piste na dikuzi.