Jak již bylo zmíněno, kolekce XML dokumentů se dají ukládat různým způsobem, které se liší zejména efektivitou různých operací. Ve všech zmíněných případech lze však aplikovat pomocné indexační struktury pro zvýšení jejich efektivity.
Indexování XML dokumentů umožňuje
efektivní vyhledávání v kolekcích XML dokumentů,
efektivní provádění XML transformací,
efektivní aktualizaci dokumentů,
efektivní navigaci v rámci dokumentu.
Nejčastěji je cílem indexování efektivní vyhodnocování XPath dotazů.