Cvičení

A) Práce s programem Pymol

(psaní jednoduchých skriptů pomoci příkazů Pymolu/Pythonu, programování a generování animací)

1) (40 min) seznamte se se základními funkcemi Pymolu (fetch,load, save, select, color, show, hide, dist, label, turn, run, notace /////)

2) (15 min) Aplikujte na Vámi zvolený protein 3 skripty dle Vášho výběru (pomoci příspěvků do diskusního fóra předmětu, že aplikujete každý jiný skript) ze stránky http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:Script_Library

     (15 min) Prezentujte výsledky práce svým kolegům i s krátkým vysvětlením

3) (20 min) Vytvořte skript, který bude otáčet částí molekuly za pomoci cyklu v jazyce Python a funkce turn

4) (20 min) Vytvořte video otáčející, nebo jinak se pohybující molekuly dle návodů http://www.pymolwiki.org/index.php/MovieSchool (části 1-4 a 6)

PRESTAVKA

B) Práce s "raytracerem" POV-Ray

(tvorba scény pro vizualizaci molekul, generování série snímků pro výrobu videa, vytvoření videa)

1) (30 min) vytvořte scénu s pozadím dle vkusu a třema zrcadly, kterými bude možné pozorovat objekt ve středu scény zvrchu, zezadu a zboku.

2) (30 min) sestrojte kód pro zobrazení atomu nebo vazby v libovolné poloze, polohu parametrizujte a využijte kód pro zobrazení jednoduché molekuly

3) (15 min) Využijte kód z bodu 2) pro převod PDB dat do POV-Ray nebo použijte obdobnou funkci get_povray v Pymolu (viz taky http://www.pymolwiki.org/index.php/PovRay)

4) (15 min) Zasaďte získanou molekulu do scény z bodu 1), vytvořte řez molekulou (funkce difference v POV-Ray), parametrizujte otáčení

5) (15 min) Použijte vhodný způsob ke generování série obrázků pro video (http://wiki.povray.org/content/Reference:Animation_Options)

6) (15 min) Tvorba videa ze sady obrázků (ffmpeg, MovieMaker)