PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2012 Tento projelrt je spofufinanrován fvropslfyin serial ním fondem a státním rozpočtem 'eshró repu M ky. evropská unie a^^^ ■ I t^^^^mZ ^m^r INVESTICE DO ROZVOJE VZDELÁVANÍ Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Kontaktní údaje Informace o kurzu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biclcgii - Tydcn 1 ► Dr. Matej Lexa, C506 (lexa@fi.muni.cz) ► Kurz: Pá 8:00-9:50 (B116) ► Konzultace: Čt 13:00-15:00 (C506) ► http://www.fi.muni.czriexa/teaching.html Klasifikace PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► Hodnotí se Úkoly 4x5 bodů Cvičení 30 bodů Zkouška 50 bodů ► Klasifikační stupnice A 91 -100 >• B 81 -90 ► C 71 -80 ► D 61 - 70 ► E 51 -60 F méně než 51 Osnova PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeči ► Analýza dat v genomovém kontextu ► Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice ► Statická analýza sítí ► Dynamická analýza sítí Analýza dat v genomovém kontextu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, Argo, GBrowse) ► Pokročilé funkce UCSC Genome Browser ► Programovatelný přístup ke genomu přes rozhraní Biomart ► Bioinformatika genové regulace (TRANSFAC, Matlnspector)) Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► Markovovy řetězce ► Markovovy řetězce proměnného řádu ► Skryté Markovovské modely HMM profily ► HMM pro identifikaci genů Náplň předmětu - část systémová bioloqie SSS^líÄ 11 J biologii-Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► metody a nástroje statické analýzy integrace dat rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat analýza interakční sítě jako obecného grafu Metody a nástroje statické analýzy ► integrace dat ► nástroje: BioMet toolbox, CellDesigner ► rekonstrukce sítí ► nástroje: Genomica, GeneNetworks ► analýza sítí a toků ► nástroje: Cytoscape, COPASI Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Informace o kurzu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Biologie genomu |f>-l.....il^ri Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Získávání experimentálních dat o genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► organizace (konfokální a elektronová mikroskopie) ► sekvenace ► mapování metylace, nukleozomů ► měření transkripce (RNA-Seq, DNA čipy) ► identifikace regulačních sekvencí (Chip-Seq) ► funkce genů - podrobný výzkum In silico anotace sekvence genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► predikce genů ► homologie (zjišťování podobnosti sekvencí) Struktura genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče ► Geny kódující proteiny (exon, intron) ► RNA ► Regulační sekvence promotory enhancery jiné ► Repetitivní sekvence Cizí sekvence viry transpozony ► Oblasti podobnosti (homology) ► SNP delší strukturní variace UCSC Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 MiiH^.fcH.iLhwmmwiuiMiwi ? - n * Location Edit View Bookmarks lools Settings Help O Q Q 0 & | v id=7335rJB21S I >> »> move | III zoom in [__ I 10n I position/search |chr5:70,256.524-70,284.592 11 jump | dear | size 2gi069 bp, [ configure Informace o kurzu Genomové data prohlížeči ■smi —H- 10 ^ D 1 Sl!tH2j^>)>)>>)>)> RefSeti ■- -RefSeg Genes ^ ^ -1-1- -H* splncecl est; rabe it arniadi 1 lo elephant H- 1 Vertebrate Mult .i iJ ests Tha Hav z Fl 1 ignment & Ml -1—H— .'ji —1-H-1 1 1 i 117 Soeci L .1 1, - ■ =■■11 : http://genome.ucst:.edu/cgi-bin/hgc?hgsid-733,,,523£!r-70284592e_A-2H5»& CHi,Tŕwd -logia p: ár - s: q.hkhäs Pwton: rJ*6i68WM» HtlST - FiTvrnH - fiCR! -H.vih.-in Corr/Trend -loglO P-vahie ■ Cur/Trend -lorj 10-P: dv - l ■ Con/Irínd -fcfllDP: w í d ccrr/Trend-kqiaPiíhf - j ■ tän/Trend -touioPi dir -4 S B 'i® Oirfl:13.:&«M airfl:5fl.S5ilM Oirfl:5Í.421BM Oira:1^7.99M IIIBI I II ■ F Known Grnc j5:ii-:I nNan I! IIIIII IIHIIIIIig I9IIIH1IIIII H I Jill III! HIM. PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče JGI Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče < Sülfeld » fsc affo ld_1:1 -1 □□□□□ Apply Size: 100000 Feaiiire: JAM_UserModels:522 Ba3g j SJ, J^JjsJjííJ J^J Fit I DHfl I .ß Permalink Sygf, Add c + Sírami Fl ,:0'*-A i o CCCl :o«j! 6™«.; I :■■■.-■=: íl 30-:=-;■! < LCoritLgk :ifi Saaifold; CSUSn.nnigenes ef"ii,í.í"i_iieljlíG!._kg eMŕ-n_riei,iKG3_ufi ciaiŕ.ESTs Blat II m im m I* I pts in cstiiQg per- Fri Jan 30 17:13:32j2ŮW, 7W manually CLinatetl ► llll l!l~HI II IHH II Hl SU i CSUSriiunigeries Blat ► I IHH 1 HfflUHI 1 prrp 1" RIKEN Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Genomové data prohlížeče GenoDive PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1