Kdy nepoužít XML databázi

Když vyhovuje jiný datový model (většinou relační).
U aplikací se specifickými požadavky (výkon).
Když potřebujeme vlastnosti, které zatím běžně dostupné XML databáze neposkytují

XML databáze jsou zatím v plenkách

Nedosahují robusnosti relačních databázových systémů (transakce, souběžný přístup, škálovatelnost), i když mnohé tyto vlastnosti jsou již nabízeny - viz např. přehled na Wikipedii: Native XML Databases.
Chybí plná podpora standardů.
Metody pro indexování a optimalizaci vyhodnocování dotazů se teprve vyvíjí.

XML databáze nejsou a nikdy nebudou následníkem relačních databází; tvoří k nim alternativu vhodnou pro určité typy dat a aplikací.