Týden 9 - Měření a data genové exprese
Najděte v databázi ArrayExpress experimenty relevantní pokusům na Saccharomyces cerevisiae a prohlédněte získaná data.
Jaké expresní profily má gen gal4 při podmínkách nedostatku dusíku a uhlíku (typy environmentálního stresu)?
Najděte geny s podobným profilem exprese při těchto podmínkách.
Prostudujte data exprese gal4 při nedostatku - stáhněte a prohlédněte si informace o experimentech (experiment design), vlastní expresní data a jejich analytické zpracování.
V genové regulační síti kvasinky z předchozí přednášky zobrazte expresní data stažená z ArrayExpress pro výše uvedené podmínky. Pomocí vizualizačních možností Cytoscapu promítněte data do layoutu sítě.
Najděte v databázi GenExpDB expresní profil zjištěný pro regulon flhD (centrální regulátor konstrukce filamentu).
Prohlédněte na barevné stupnici podmínky, při nichž byl gen nejvíce/nejméně vyjádřen.
Zaměřte se na experiment s registračním číslem GSE12006 a zobrazte grafy příslušných naměřených dat. Data tohoto experimentu byla naměřena na komerčních oligonukleotidových DNA array.
Otevřete Cytoscape a importujte do něj níže odkazovanou genovou regulační síť E.Coli.
Importujte (jako atributy uzlů) expresní data získaná z GenExpDB a vizualizujte je prostřednictvím VizMapperu.