Přednáška k pokročilé analýze boolovských sítí (nepovinný materiál, nebude požadováno u zkoušky).

Z výše uvedeného odkazu stáhněte soubory nástroje Parsybone. Rozbalte do svého domovského adresáře na aise. Můžete vyzkoušet i .exe soubor zkompilovaný pro platformu Windows, který je součástí balíku.

Na aise je nutné přiidat modul gcc-4.5.1.

Prostudujte manuál k nástroji Parsybone.

Prohlédněte si obsah souboru autoreg.dbm, identifikujte strukturu modelu.

Spustťe parsybone autoreg.dbm -rsW a analyzujte výstup.

Proveďte modifikaci charakteru zpětné vazby z negativní na pozitivní. Jak se změní výstup?

Prostudujte model repressilator.dbm. Jaké chování je zachyceno v souboru specifikované časové řadě? Je toto chování realizovatelné uvažovaným modelem? Pro jakou parametrizaci?

Specifikujte prostřednitvím syntaxe dbm souborů model dvou genů z předchozí přednášky (viz slajd 12).

Formulujte časovou sérii vyjadřující postupné nabíhání exprese genu "B" v serii 0 -> 1 -> 2, gen "A" se může chovat libovolně (např. měření bylo získáno genovým reportérem pro gen "B").

Je tato série kompatibilní s modelem?

Zobecněte chování modelu pro oba geny pomocí attributu undef="params".

Jaké parametrizace vysvětlují toto chování?

Pomocí parsybone vas_model.dbm -rW -f vystup.out uložte výstup analýzy do souboru.

Vytvořte vizualizaci ve formátu .xgml pomocí javovské aplikace BehaviourMapper.jar, která je součástí balíku:

(na aise nutno pridat modul jdk-1.7.0_13)

java -jar BehaviourMapper.jar vystup.out graf

Importujte získaný soubor graf.xgml do cytoscapu (.xgml se dodá automaticky).