Najděte v databázi ArrayExpress experimenty relevantní pokusům na Saccharomyces cerevisiae a prohlédněte získaná data.

Jaké expresní profily má gen gal4 při podmínkách nedostatku dusíku a uhlíku (typy environmentálního stresu)?

Najděte geny s podobným profilem exprese při těchto podmínkách.

Prostudujte data exprese gal4 při nedostatku - stáhněte a prohlédněte si informace o experimentech (experiment design), vlastní expresní data a jejich analytické zpracování.

V genové regulační síti kvasinky z předchozí přednášky zobrazte expresní data stažená z ArrayExpress pro výše uvedené podmínky. Pomocí vizualizačních možností Cytoscapu promítněte data do layoutu sítě.

Najděte v databázi GenExpDB expresní profil zjištěný pro regulon flhD (centrální regulátor konstrukce filamentu).

Prohlédněte na barevné stupnici podmínky, při nichž byl gen nejvíce/nejméně vyjádřen.

Zaměřte se na experiment s registračním číslem GSE12006 a zobrazte grafy příslušných naměřených dat. Data tohoto experimentu byla naměřena na komerčních oligonukleotidových DNA array.

Otevřete Cytoscape a importujte do něj níže odkazovanou genovou regulační síť E.Coli.

Importujte (jako atributy uzlů) expresní data získaná z GenExpDB a vizualizujte je prostřednictvím VizMapperu.