Instalace lokalnich balicku (napr. "HMM"):

> install.packages("HMM")

System se Vas zepta, jestli chcete instalovat lokalne, odpovezte "y".

Ukol do hodiny:

Implementujte myslenky modelovani sekvence z http://a-little-book-of-r-for-bioinformatics.readthedocs.org/en/latest/src/chapter10.html pomoci balicku HMM.

- ukazte generovani sekvence Markovovym retezcem (lze taky implementovat pomoci HMM) a HMM

- oznackujte sekvenci mRNA lidskeho HOXA1 modelem z clanku

- vygenerujte 10000bp sekvence DNA se stridajicimi se oblastmi bohatymi na AT (10% CG na delce 100bp) a CG (10% AT na delce 50bp). Odhadnete parametry HMM modelu a pouzijte jej k oznackovani techto sekvenci.