Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 7 - Interakční sítě a databáze znalostí

Přednáška II/1 -- Sítě v systémové biologii
EcoCyc
Najděte pomocí služby Search databáze ecocyc a algoritmu FASTA statisticky nejpodobnější protein následující sekvenci aminokyselin:

SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQ
FVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPS
VKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYK
EEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTW
GNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDV
HHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYA
LDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFM
DERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEA
ELSPSGTFVREKIRES

Prohlédněte si informace o nalezeném proteinu a jeho zapojení do biologických sítí.
Gene Ontology
Na stránce http://geneontology.org/page/download-ontology prozkoumejte různé verze ontologie.
Na stránce http://geneontology.org/page/download-annotations prozkoumejte anotační soubor E.coli.
Cytoscape Home Page
Cytoscape tutorial: Základní funkce
RegulonDB
Předchozí
Následující