PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Katedra informačních technologií Masarykova Univerzita Brno Jaro 2017 Tento projekt je spolufinancován Evropským sociálním fondem a státním rozpočtem České republiky. EVROPSKÁ UNIE INVESTICE DO ROZVOJE VZDĚLÁVÁNÍ Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Informace o kurzu Kontaktní údaje PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Dr. Matej Lexa, C506 (lexa@fi.muni.cz) ► Kurz: Čt 10:00-11:50 (A219) ► Konzultace: Út 14:00-16:00 (C506) ► http://www.fi.muni.cz/~lexa/teaching.html Kontaktní údaje PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Dr. David Šafránek, A408 (xsafran1@fi.muni.cz) Klasifikace PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Hodnotí se ► Úkoly 4x5 bodů ► Semestrální úkol 30 bodů ► Zkouška 50 bodů ► Klasifikační stupnice ► A 91 - 100 ► B 81 -90 ► C 71 - 80 ► D 61 - 70 ► E 51 - 60 ► F méně než 51 Osnova PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Genomové anotace ► Výpočty nad sekvencemi, konsenzus, repetice, mapování a skládání sekvencí ► Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice ► Statická analýza sítí ► Dynamická analýza sítí Analýza dat v genomovém kontextu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Prohlížeče genomů (UCSC, Ensembl, GBrowse, IGV) ► Pokročilé funkce UCSC Genome Browser (Table Browser) ► Programovatelný přístup ke genomu přes rozhraní Biomart, GenomicRanges (R/Bioconductor) ► Bioinformatika genové regulace (JASPAR, TFBSTools) Výpočty nad sekvencemi, konsenzus, repetice, mapování PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► Mnohočetné zarovnání a konsenzuální sekvence ► Diagram "dot ploť'a tandemové repetice ► Mapování sekvencí (BLAST, Bowtie-2) Aplikace Markovovských modelů v bioinformatice PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► M ar kovový řetězce ► Markovovy řetězce proměnného řádu ► Skryté Markovovské modely (HMM) ► HMM profily ► HMM pro identifikaci genů Náplň předmětu - část systémová biologie PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► metody a nástroje statické analýzy a integrace dat ► integrace dat ► rekonstrukce sítě genových interakcí z experimentálních dat ► analýza interakční sítě jako obecného grafu Metody a nástroje statické analýzy PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► statická analýza sítí a integrace dat ► nástroje: Cytoscape s několika moduly ► rekonstrukce genových regulačních sítí z microarray dat ► nástroje: GeneNetworks, GinSim ► dynamická analýza pravděpodobnostních modelů genových sítí ► nástroje: Dizzy ► metabolické sítě a jejich analýza ► nástroje: KEGG, metacyc, COPASI Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Struktura genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Biologie genomu Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 core partk-le 30 nm fiber Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče i Human Conane- Genes and Gen* Related Sequences 12QuMb Genes (Beans) 4$ m Inlerířeoic DMA tOOO Mb Related Sequences 1152 Ml) Inrerepersed Repaets: 4Qi)Mb €iher ribergenic regions -VViM;. □ i Gůii* Fragments UNES 540 Mb Micnosatedlites 90 Mb SINK LTR Elements 250 Mb Biologie genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Exún& {regions of ganes coding lor protein, rRNA, or (RNA) (1.5%) Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Simple sequence Urge-Segment DNA (3%) duplications Genome compacting PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Short region of DNA double helix "Beads on a string form of chromatin 30 nm chromatin fibre of packed nudeosomes Section of chromosome in an extended form Condensed section of chromosome 2 nm Entire mitotic chromosome 11 nm 30 nm 300 nm 700 nm 1.400 nm images/chromosomes Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Eukaryotic transcription PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 general transcription RNA polymerase II gene regulatory proteins factors i gene X i i J regulatory spacer DNA sequence promoter t the gene control region for gene X Mediator gene X RNA transcript Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Figure 7-44 Molecular Biology of the Cell 5/e (© Garland Science 2008) Selected organizational characteristics of genomes PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► by topology ► modular ► hierarchical ► discrete, but elements sometimes fuzzy ► by end-product ► DNA (structure) ► RNA (tRNA, ncRNA, rRNA, siRNA...) ► protein ► complexes and particles (membrane sensor, flagellum, viral particle) Struktura genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► Geny ► proteiny (kódující, exon, intron) ► RNA ► Regulační sekvence ► promotory ► enhancery ► jiné ► Repetitivní sekvence ► mikrosatelity (STR) ► minisatelity (VNTR) ► satelity ► DNA transpozony, helitrony ► retrotranspozony (LINE, SINE, LTR) ► Cizí sekvence ► viry ► endo(retro)viry ► Oblasti (ne)podobnosti (homology) ► SNP ► delší strukturní variace Genomické ostrovy Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Dynamika genomu Genome changes (in sequence or number) PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 topology unchanged ► SNPs (point mutations) tandem repeat expansion/contraction 1- point translocation ► chromosome breakage chromosome fusion 2- point translocation ► deletions, conversions and exchanges (recombination effects) ► cut-paste (DNA transposon) ► copy-paste (retrotransposons) ► roling-circle (helitrons) 2-point translocation ► DNA methylation ► Histone methylation/acetylation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Genome module changes PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► at DNA level ► exonization ► exon shuffling ► gene migration ► genome duplication ► at RNA level ► alternative splicing ► transcriptional fusion ► at protein level ► translational fusion Mutations PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 DNA (coding si rand) *llBTT8BBBBiaa.aTT Transcription ^ HugHBguuuggíc1u!a!Ía! mRNA Translation ^ ^ ^ ^ ^— Amino acid sequence (a) Normal DNA motocule DNA (coding strand) mRNA Amino acid sequence (b) Misscnso mutation Lys — Phe-Gly AUGAAGUUUfJGCUAA ^- Lys — Phe — Ser TACQT CAAACCGAT T MM AUGfflAGUUUGGCUAA (c) Nonsense mutation TACTTCAACCGATT AUGAAGUUGGCUAA ^ft— Lys — Leu — (dj Frameshlft mutation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Mutations PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Nátura-P*vitvvj Girnoii-rí Tandem repeat expansion or contraction PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Increase in repeat length —m-*-N-* ■4-4-4-4-m-4-4-4-4-4|- 1 234S&780 10 1 Z, 3 4, 1 234S67fiQ10 p * 1 234&67SQ10 1 2Q4 5 6 7 8 0 10 11 p p^1 ^pppppjp» * 1^4 ^ *, 1 +—*—* * * 1 2 M B ť 7 S 9 10 Infliction Decrease in repeat length I ITH -3 Ü ailment 1 234G67eQ10 12 3 4 —*—*—*■—w- 4j ^-i mi 1 t 1 4 4 J !-*—1 -4- 5 6 7 S 0 10 The now eft7ftTKl 14 a di Seref it length to the l-=nif .L.itr-- 12346G7SQ1Ü H P P P P P P P HP i-^-4-4 ^ -•-4-4-4—- 1 2? ^ 4 6 6 7 ö '■' Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Chromosome breakage and repair PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 A. Breakage-and-reunion (i) non-homologous and Joining q or ("} non-homologous end joining radiation makes two breaks simple aberration radiation makes more than two breaks s u complex aberration B, Recombinational misrepair (1-hit) find local homology homologous "repair" radiation makes a break aberration C, Exchange theory reciprocal exchange radiation makes two lesions aberration Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Chiasma and crossing-over during meiosis PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 000 □ Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Gene cross-over or conversion Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Gene cross-over or conversion PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 DNA duplexes pair 1111111 ii 111111 ............... 1111111 II 111111 Homologous strands are nicked immiffTTfT ............... 1111111 li 111111 ............... 4 Broken strands exchange between duplexes Crossover point m oves by branch migration ■ i 1111111111111 uaj lllllllllllllll ......... Second nicks made in same strand 4 iiiiiiiiiiiiiii ............... iiiiiiiiiiiiiii iiiiiiiiiiiiiii 4 ■ 11 li li i ■ ■■■iii iiiiiiiiiiiiiii ............... iiiiiiiiiiiiiii ............... Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Second nicks made in other strand iiiiiiiiiiiiiii 4 Nicks are sealed Second strands cross over between duplexes, and nicks are sealed ....... 4 Genomes are not recombinant, but contain heteroduplex region Reciprocal recombinant genomes are generated iiiiiiiiiiiiiii ............... IIIIIIIIIIIIIII Gene conversion in immunoglobulin PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 9» OJ-I V-Region C-Region Pseudogenes Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Exon shuffling PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 F5.31-11 Epidermal growth factor gene with multiple EGF exons (green) —Exon Fibronectin gene with multiple 'finger" exons [orange] shuffling 1 * Exon duplication Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Plasminogen gene with a "kringle" exon (blue) Exon shuffling Portions of ancestral genes TPA gene as it exists today ■ ysT-t mm ***** ****** i*.11 m H * .'i i wi.....jiitiytrtrtwwyt* Alternative splicing PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 DNA RNA Exan 1 Exan 2 Exon 3 Exon 3 E>on4 Exon 5 uj i i i i i i i i E*on4 Exon 5 iliJxJllLiJtllllilLltlltlllllll,! Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče mRNA A 5 ■Alternative Splicing 2 4 5 Translation 2 Translation Protein A Protein B Protein C Epigenetic regulation of gene activity PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 IVfotJíKSBpr® www.rnedacape.cťHTi A. Transcriptionally active chromatin DNA I Trartscri"ption^> + DNMTs + <^MBPs) V7 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče DNA B. Transcriptionally inactive chromatin Saun>a: Mauíůauíů. Focus ©-2005 Americ-an Assacia Ua n of hteurakigtcaJ Surgea-ns RNA interference PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 FIGURE 18-6 RNAi silencing. RNAi switches off the expression of a gene when dsKNA moEecuEes that have homology to that gene are introduced, or made, in the cell. This effect involves processing of the dsRNA to make siRNAs and miRNAs by the enzyme Dicer. Another enzyme involved only in the case of miRNAs—Drosha—is not shown here, but is described later The siRNAs and miRNAs direct acornplex called RISC [RNA-induced silencing complex) to repress genes in three ways. It attacks and digests mRNA that has homology with the siRNA; it interferes with translation of those mRNAs; or it directs chromatin-modifying enzymes to the promoters that direct expression of those mRNAs. (Adapted, with permission, from Hannon G.J. 2002. Nature 418: 244-251, Fig. 5. © Macmiilan.) dsRNA liriiiiiiiriiiriiiniirii iJiiiMiiiiimimimiii ceíí membrane cytoplasm TT siRNAs and U miRNAs pre-miRNA Í trans lational inhibition amplification degradation Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Transposable Elements □NA fransposons Retrotransposons Transposasc !i I -iiihmirt i [.-I Mm i i u nu Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče LTR Retrotransposons RT V \ Gag 1 i Paf Prf 1.1 K 1 UKUV kli}, IAI'1-5KbI Autonomous ORF 1 KS lil ORF 2 i i w .V IT I.I I kwnNt.Mii No n-LTR Retroiransposons Non-autonomous i so isn Alu Ekmuit U Mi) Transposons PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Class I element RNA Půl I Reverse Transcription Reverse transcriptase -Aft AAA Integrase q_ Transport to the nucleus Integrase Int a g ration at; new post ion New position Class II element TlR Transposase TIR -4- l \I.IMUH Transpasase Transpcisase Integration at a new postion Me«v position Helitron Single- ✓'»"Transpc.sase stranded nick J Target A TC CTRR T HuterodupLex formation Target J Replication T resolution Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Old position Old půiuíon Nature Reviews | Genetici Transposase is the key protein in DNA transposons ^^Transposase Transposase binds the ends of Ac and Ds elements. AC PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Cleavage Target DNA Integration into new target site Ac or Ds at new location Transposons shape genomes of maize varieties tac6058 •J bz^ ,stc1. _rp/35A ňypnf _ ^f^t„f^^iac7077 ^*m*n A -' ™ ' " McC (111 Kb) B hyproS ed/f hyproi rfk tac6Q58 fie/A HetB N.b. ^strf fp/35A hyprot i f i tx-*—4 g-ft-^íi nn.il znf ™-tac707K,uce2 * B73{73 kb) rpf35A „ 51* — *tac7077^fi/cežu D Mo17 [52 kb) **,bz ^istcf nyprot • A188 (55 kb) Hel1-4 fac$058 _ "Zw rp/35A hyprol Grande t - znf tac707n uce2 CML258 (66 kb) Huck2b rpf3SA tecSQSB.i, hypm'nj^'^finf Chico tac70T7f uce2 n I137TN(121 kb) tac6058 ,sfc,f rp/35A\*%ypro1xi ^ zn NaST-el (79 kb) 'eff-iunkhypro casK dfrei hfe/f-S Mr tac7077 "V ucež N N H " tac7077¥$ uce2u Coroico (159 kb) tac6058 PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Transposons shape phenotypes of maize kernels PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Transposons shape phenotypes of grape varieties Cabernet 1' Insertion Chardonnay LT R rei roe leme n t LTR recombination Ruby Okuyama PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Nature Reviews j Genetics Získávání experimentálních dat o genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 ► organizace (konfokální a elektronová mikroskopie) ► sekvenace ► mapování metylace, nukleozomů ► měření transkripce (RNA-Seq, DNA čipy) ► identifikace regulačních sekvencí (Chip-Seq) ► funkce genů - podrobný výzkum Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče In silico anotace sekvence genomu PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče ► predikce genů (např. GeneMark) ► homologie (zjišťování podobnosti sekvencí) (BLAT, MUMMER, BLAST) ► identifikace opakování (např. RepeatMasker, LTR Finder) Outline PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče btruktura genomu Genomové data prohlížeče UCSC Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Human chr5:7 ,592 - UCSC Genome Browser vl34 - Konqueror Location Edit View Bookmarks Tools Settings Help Q. Q 0. Q Q ft V id=73350821&knownGene=full T *Jj [EL Ü Human chr5:70,256,524-70,28... enomes "ables Gene Sorter PCR DNA Convert PDF/PS Help UCSC Genome Browser on Human Mar. 2006 Assembly zoom out move <<< zoom in [ L5lí I 3* I l°x | base lux 1.5x 3x I josition/search fchr5:70,256,524-70,284,592 11 jump | clea~| size 28,069 bp. | configure chrs {ql3,2) ■ B3-1 _l j cnrs: 70260000I 70265000I 70270090! 70275000I 70280000I STS Markers on Genetic (blue) and Radiation Hybrid (black) Maps STS Markers UCSC Known Genes Eased on UniProt, RefSeq, and GenBank mRNFi Hrfrt-f. HI. C ( ( C ( ( ( C( ( C ( ( C ( ( (-H-H-H-i-H-H-t-j C C ( C (((((( It (t (((((( C i+f I. C C ( ( ( ((-m-t-H-HHH-t-H-t-{-H-& j HK130633 SMR3" )))))) SMN1 SMN2 ^)))))) SMN1 4 1)))) SMN2 i---- — ----- ) j))))))))])))l I ))))an 1) I'll RefSeq Genes Human mRNfl Sp1 i ced ESTs RefSeq Genes H-h H—H~ )))))) I) — — s -f- Human mRNňs from GenBank —-1-1—H- H-h H-H- Human ESTs mat Have Been Spliced I I II III II I I Vertebrate Multiz Alignment & Conservation (17 SpeciesJ Conservat ion mouse rat rabb it dog armadi1lo e lepnant opossum I.. I li_i.JlU.Jl http://genome,ucsc,edu/cgi-bin/hgc?hgsid=733,,,523&r=70284592&db=hgl8£ipix=620 ÍÍJC S Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Chr. Stand DNA(cortigs) IVbrkers I d9s736 □931643 ErEembl Genes Vega Havana Genes rcRNA Genes est Geres Gere legend I Im' I 21.60 Mb i 21.30 Mb ■i i 22.00 M i ) i 22.20 Mb ■i i 22.40 Mb r- i i i i i ■5* 1 "> K iII □9s1749 d9s1607 d9s016 i □9s2ü6ü □9s2143 □9s2137 d9s974 d9s942 d9s1748 d9s1gü4 d8s9s8 cqs160 d9s175ě Lr-.nv-r LC9orf53 LCDKN2A LCDKN2 rMeiged Known Proteincoding [Veca Havana Putative Processed trarEcript IVega Havana Krown Protein codirg RNAPseudogene (Nowi) Iest gene I d9s1&14 d9: 1083 ce;.ie7ü D9ES75 i ii d9s96s d9s790 □9s97g □MRTA1 Havana Known Proteincoding Vega Havana Processed pseudogene Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 GBrowse view of the Pto DC3000 region near PSPTCU375 1111111 1507k 1508k 1509k pseu min 1510k 1511k 1512k 1513k 1514k 1515k 1516k 1517k 1518k. fill Genes uith links to pseudononas.con hopNl hopAňl-1 hrpWl PSPT0_1371 shcfl hopMl fill proteins uith links to NCBI type III effector HopNl type III helper protein HrpWl H 28868578 type III chaperone ShcM 28868582 type III effector HopMl 28868581 conserved effector locus protein 28868579 type HI effector HopAAl-1 28868580 28868583 Putative orthologs in Pseudononas aeruginosa PR01 Putative orthologs in Pseudononas aeruginosa PH14 Putative orthologs in Pseudononas fluoresceins Pf-5 Putative orthologs in Pseudononas putida Putative orthologs in Pseudononas syringae b728a Psyr_1185 shcE avrEl type III chaperone ShcE 28868584 type III effector protein flvrEl 28868585 Psyr_1182 Protein of unknown function UPF0187 Psyr_1184 Psyr_1188 Pectate lyase conserved effector locus protein avirulence protein AvrE(Pto) Psyr_1186_ type III effector HopPtoM Psyr_1187 DspFAvrF Putative orthologs in Pseudononas syringae pv. phaseolicola PSPPH_1264 type III helper protein HrpWl PSPPH.1265 PSPPH_1267 type III chaperone protein AvrF PSPPH_1268 type III chaperone protein Shell Putative orthologs in Pseudononas entonophila L4S fill COGs uith links to NCBI COG database C0G3781 Function unknown type III effector flvrEl Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče Argo PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 r $ Afhík Fiie Treífc Edit SíImc Vlew Zoom Ruitrs Analýze Uier tooknurfts Wlndow Heip JTCArjICATCM.' . UJUU7U£Un^TUnUL HA. II. LATU. JUJL L1A1..UC T iVAJL" A£ í 7C TiW 7 AjU7AciMUTCQZJWXTT\lAO^?GCTTCA71U7CMAAl^ll3U MJXCT^C^CU.TCCCJUACCCACl.J J JLTGCJUU7JU lt LLATÍJCAJ 1L LUITCCTGATECAJULI AITtTllCHTCTC1 JHUCMUdůCTCICCATTAT'j. I'L I I , CIT CTU7GGTU! UlACATCuMťi TTJUIjl JiJL C JkATfůCTTí^C C WJU7A 1 ^L^i!-:^: ^ ^FlT:«JWTlE^\£AJUJU-iArATL—JL^^ Ubrl I]-. DMUn ícirch Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče DecodeMe Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 "Mliüiiiiii i Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče chil chr-1 cílil chrE chrr chrl clirS CID Cil C17 Cl 1 CM DII «■ Cl Cl C C t C chrK < pí mm« imiir in mni um id inwiimuiNJMP drti i'tttmuiii i mm hm m -mit mu-i minimum Hítil.Sif-:trii-íi*Mrr.p S^ur.itp riuilj Sfl Rpirgř-1c-z Idot. . =:j-iú'I' i Ijiu- l.y.ij, r.-i,i.-i., S Mi- '■■i -l„i n, V Golden Helix Genome Browser PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Ptot af Column Cwr/Trend -teglO P from AsiKlation Test« (Additiv* Modi>ly ■ Zoom - 1.5x 3x lH**tH TíKiot i ß UouM EnmrU Vkfitn' I ß OTOP 1 ß Uhu RafSaa Dři* ■ ß Un>W IX*»!** S*HÍ* ,' ß Umh LVJtvHKH TrEURi iguMi FU#»trvuriti* B- UM] .■ ® fen í nirV &rc 4. ■ßUi>ji* InMmfr] Y«pti4» igllw EMimjíW* HCfll* Mp**-Sp*iI t» i (ton*. Stf! SSW« r IRS i MOUSE IríííStcfwoMtt W.W JlFWS+o.ont 01051Ů říUnii-flťSPTnEUBl OMowj MOUSE FMnnj Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče . i ■ I ' I * ■Einwrrnw [Tünc/n» Ww 0 VHI1 **t I »ANTCM . CAM a VklUM FÍ**ía| F^nrt Vk«t*i R*«*m ONA - GenoDive PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii - Týden 1 Informace o kurzu Struktura genomu Dynamika genomu Genomové data prohlížeče