Do lokálního adresáře stáhněte tento soubor genových interakcí kvasinky (vztah trankripční regulace) a rozbalte ho. Obsahuje následující dva soubory:

• yeastInter_st.txt ... interakční síť (v tabulkovém formátu tvaru zdroj, cíl, typ regulace)
• yeast_Names.txt ... atributy jmen jednotlivých uzlů

Do aplikace Cytoscape importujte v prvním kroku tuto interakční síť a ve druhém přidejte k uzlům atributy (jméno).

Nastavte vizMapper tak, aby zobrazoval jako label uzlů jejich název místo ID.

Nastavte hledací filtr (search options) pro atribut uzlu jméno a najděte gen "gal4". Vyberte všechny sousedy tohoto uzlu a jejich sousedy, z výběru vytvořte novou síť.

Importujte další atributy z ontologických databází.

Integrujte síť s genovou ontologií dle tutoriálu.

Predzpracovana data interakci regulace genu -- /auth/el/1433/jaro2018/PB051/um/network_tf_gene.txt

Integrujte síť s genovou ontologií. Nastudujte možnosti pluginu BINGO dle tutoriálu. 

V síti kvasinky vyberte protein GAL4 a vytvořte podsíť všech sousedů uzlu GAL4 a jejich přímých sousedů. 

Proveďte analýzu statistické nadreprezentace pojmů koncentrovaných v této podsíti vzhledem ke genové ontologii. Použijte plugin BINGO.