Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii

Týden 11 - Bayesovské a boolovské sítě

Nainstalujte nástroj Hugin (verze Lite) pro analýzu a učení bayesovských modelů. Verze je omezena velikostí sítí a rozsahu akceptovaných experimentálních dat.

Načtěte do nástroje Hugin výše uvedenou síť, zjednošujte ji odstraněním uzlu tRNA.

U každého uzlu rozlište 2 stavy on, off s následujícím rozložením:

uzel P(on) P(off)
cya 0.3 0.7
crp 0.8 0.2
  crp on crp off
  cya on cya off cya on cya off
fis 0.99 0.4 0.6 0.02
  0.01 0.6 0.4 0.98

Nastavte run mód a modifikujte pravděpodobnostní hodnoty uzlů cya a crp, sledujte jak se mění pravděpodobnostní rozložení regulovaného uzlu fis.

 

Ve zjednodušeném modelu z předchozího příkladu nastavte uniformní rozložení pro všechny uzly (on - 0.5, off - 0.5).

Pro všechny uzly vytvořte tabulky experimentální evidence (Add Experience Table).

Použijte EM learning wizard (algoritmus Expectation Maximization) pro naučení pravděpodobnostních rozložení z experimentálních dat (viz soubor výše).