Cvičení k druhé půli přednášky
PB051 -- analýza biologických
sítí
Cvičení 1.2 (analýza expresních dat) [5b]
Nainstalujte nástroj STEM
Stáhněte expresní data sinice (Synechocystis sp PCC 6803) naměřená
v podmínkách silného ozáření světlem. Informaci o jednotlivých
genech naleznete ve zdroji CyanoBase. Data jsou získána technologií
cDNA, podrobnosti lze získat v článku Hihara et al..
Proveďte seskupení erxpresních profilů metodou K-means a metodou
STEM (viz článek). Výsledky porovnejte. Můžete vyzkoušet různá
nastavení obou metod. Pro výsledek seskupení, který se vám jeví jako
nejzajímavější, zkuste vybrat některou ze skupin podobně
vyjádřených genů a najít jejich popis v CyanoBase.
Výstup: soubor seskupení K-means, soubor seskupení pomocí
STEM, závěr z pozorování (1 odstavec textu)