Věnujte se slidům části "Systémové paradigma – sítě interakcí".

Najděte pomocí služby Search databáze ecocyc a algoritmu FASTA statisticky nejpodobnější protein následující sekvenci aminokyselin:

SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQ
FVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPS
VKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYK
EEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTW
GNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDV
HHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYA
LDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFM
DERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEA
ELSPSGTFVREKIRES

Prohlédněte si informace o nalezeném proteinu a jeho zapojení do biologických sítí. Na stránce http://geneontology.org/page/download-ontology prozkoumejte různé verze ontologie.
Na stránce http://geneontology.org/page/download-annotations prozkoumejte anotační soubor E.coli.

Zaměřte se zejména na základní seznámení v rozsahu následující presentace:

RegulonDB je příkladem ucelené databáze genových regulačních sítí (manuálně kontrolovaných) pro E. coli. Budete-li mít čas, prozkoumejte tento zdroj z hlediska rozsahu a formy dat, které nabízí. V následující lekci jej využijeme.