Cvičení 1

Do lokálního adresáře stáhněte tento soubor genových interakcí kvasinky (vztah trankripční regulace) a rozbalte ho. Obsahuje následující dva soubory:

• yeastInter_st.txt ... interakční síť (v tabulkovém formátu tvaru zdroj, cíl, typ regulace)
• yeast_Names.txt ... atributy jmen jednotlivých uzlů

Do aplikace Cytoscape importujte (File -> Import -> Network -> File) Import v prvním kroku interakční síť výše a ve druhém kroku přidejte k uzlům atribut Name z druhého souboru (File -> Import -> Table -> File).

Nastavte vizMapper tak, aby zobrazoval jako label uzlů jejich název místo ID.

Nalezněte uzel proteinu "GAL4". Vyberte všechny sousedy tohoto uzlu a jejich sousedy, z výběru vytvořte novou síť.

Integrujte síť s genovou ontologií dle následujícího tutoriálu:

Cvičení 2

Prostudujte databázi genových regulačních sítí E. coli -- http://regulondb.ccg.unam.mx

Stáhněte predzpracovana data interakci regulace genu získaná z této databáze -- /auth/el/fi/jaro2020/PB051/um/network_tf_gene.txt

Integrujte síť s genovou ontologií.

Cvičení 3

Do Cytoscape přidejte plugin (app) BINGO. 

Nastudujte možnosti pluginu BINGO dle tutoriálu. Tutoriál je vyvinut pro starší verzi Cytoscape, proto je třeba z něj vzít základní postup a ten potom použít s novou verzí, kde jsou některé funkce zjednodušeny nebo lehce pozměněny (nejedná se o drastické změny, touto investigací navíc získáte hlubší znalost filosofie Cytoscapu).

V síti kvasinky používané v tutoriálu (galFiltered.cys v příkladových souborech Cytoscapu) vyberte protein GAL4 a vytvořte podsíť všech sousedů uzlu GAL4 a jejich přímých sousedů. 

Proveďte analýzu statistické nadreprezentace pojmů koncentrovaných v této podsíti vzhledem ke genové ontologii. Použijte plugin BINGO.